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L'extraction et l'identification de l'ADN à partir d'un échantillon environnemental se sont récemment révélées remarquables pour la détection et le suivi non seulement des espèces communes, mais aussi de celles qui sont menacées, envahissantes ou insaisissables. L'utilisation de la méthode d'analyse metabarcoding de l'ADN environnemental (ADNe) pour étudier les communautés de gastéropodes dans le cadre du programme de suivi scientifique RhônEco pourrai fournir des données sur l'état des milieux fluviaux, aider au perfectionnement des modèles de restauration et entretenir la préservation d'espèce emblématique comme Anisus vorticulus. Cette étude à pour objectif de comparer la méthode d'analyse de l'ADNe à la méthode de prélèvement du benthos accompagnée d'une détermination morphotaxonomique pour l'évaluation des communautés de gastéropodes du Rhône. L'étude se fait pour douze sites appartenant aux différents systèmes alluviaux du Rhône. Trois niveaux de comparaison des deux méthodes sont effectués : la comparaison des inventaires d'espèces de gastéropodes d'eau douce détectées, la comparaison des richesses spécifiques des espèces de gastéropodes d'eau douce par l'estimation des diversités Alpha et la comparaison des assemblages de communauté de gastéropodes en fonction du site par l'estimation des diversités Beta. Dans le cadre de l'analyse de l'ADNe par méthode metabarcoding, les deux types d'échantillons (eau filtrée et sédiment) et les deux marqueurs moléculaires (COI et 16S) sont également comparés entre eux. Cette étude se veut interdisciplinaire permettant de fusionner deux domaines différents, le domaine d'analyse écologique et environnementale et celui de la génétique. Les inventaires des espèces de gastéropodes d'eau douce détectées par les deux méthodes ont démontré que la méthode d'ADNe a permis la détection de 68% des espèces détectés par la méthode de prélèvement du benthos. Egalement, la méthode d'analyse d'ADNe a permis la détermination d'espèce là où la méthode de prélèvement du benthos n'a permis que l'identification au genre. Pour la mesure de la richesse spécifique, les deux méthodes ne sont pas corrélées. Cependant, les deux méthodes perçoivent les différences d'assemblages d'espèces de gastéropodes entre les sites de la même façon en fonction du degré de connexion du milieu au chenal principal. Pour l'estimation des abondances de l'espèce Anisus vorticulus, une méthode d'analyse qPCR de l'ADNe permettrai des résultats plus spécifiques et concluants. |
