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Ce travail porte sur l'identification de gènes sous sélection positive divergente par la comparaison de paires de séquences de gènes homologues qu'implémente la méthode PSGfinder (Tuberosa and Montoya-Burgos 2017). J'ai tout d'abord étudié la sélection positive chez les cétacés, représentés par le grand dauphin. En comparant les gènes du dauphin avec notamment ceux de la vache, j'ai identifié des gènes sous sélection positive divergente, exclusifs ou non à la branche du dauphin. Par la constitution de différents jeux de données, j'ai également comparé mes résultats avec ceux d'études qui utilisaient des tests de Codeml (Yang 2007). J'ai ensuite comparé PSGfinder avec des tests de Codeml par l'analyse de 18 gènes provenant de neuf études différentes. Sur ces gènes identifiés sous sélection positive dans des lignées de mammifères par l'utilisation de tests de Codeml, j'ai répété ces tests, et construit des paires de séquences que j'ai ensuite analysé avec PSGfinder. |
