Assembly of the genome of Leuconostoc mesenteroides IBUN 91.2.98. through bioinformatics tools

Autor: Núñez Campos, César Augusto
Přispěvatelé: Ospina Sánchez, Sonia Amparo, Biopolímeros y Biofuncionales, César Augusto Núñez Campos [0000000152190836], Núñez Campos, César Augusto
Jazyk: Spanish; Castilian
Rok vydání: 2022
Předmět:
Popis: ilustraciones A pesar de la importancia del dextrano en varias aplicaciones industriales y la necesidad de masificar su producción, no se tiene muy documentado el mecanismo de expresión y regulación de las dextransacarasas en cepas productoras como el Leuconostoc mesenteroides cepa IBUN 91.2.98. El desarrollo de métodos de secuenciación de segunda generación y el uso de herramientas bioinformáticas permitirán secuenciar, ensamblar y evaluar genomas completos a un costo relativamente bajo guiados por un genoma de referencia de L. mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293, para ayudar al proceso de ensamblaje. La secuenciación produjo un total de 1.47 Gb de datos crudos, que después del trimming y control de calidad generaron 1,40 Gb (7.78 X de profundidad) que se usaron para el ensamblaje. Se obtuvo un ensamblaje para el Leuconostoc mesenteroides cepa IBUN 91.2.98 de una longitud de 2,064 Mpb. La longitud del ensamblaje represento el 85% del tamaño estimado del genoma de referencia de L. mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293. (Texto tomado de la fuente) Despite the importance of dextran in various industrial applications and the need to massify your production, the mechanism of expression and regulation of dextransucrases in producer strains such as Leuconostoc mesenteroides strain IBUN 91.2.98 has not been well documented. The development of second-generation sequencing methods and the use of bioinformatic tools will make it possible to sequence, assemble, and evaluate complete of genomes at relatively low cost guided by a reference genome of L. mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293, to help the assembly process. Sequencing produced a total of 1.47 Gb of raw data, which after trimming and quality control were generated 1.40 Gb (7.78 X deep) which was used for assembly. An assembly for Leuconostoc mesenteroides strain IBUN 91.2.98 with a length of 2,064 Mpb was obtained. The assembly length represented 85% of the estimated size of the reference genome of L. mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293. Maestría Magíster en Ciencias - Química
Databáze: OpenAIRE