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RESUMO Introdução: Os componentes da Aptidão Física Relacionada à Saúde (ApFRS) estão associados a prevenção e redução do desenvolvimento de doenças crônicas, de incapacidades funcionais e de dificuldades na realização de atividades diárias. Objetivo: Identificar a prevalência e os fatores associados à baixa ApFRS em adolescentes. Métodos: Estudo transversal realizado com 1.455 escolares (50,9% meninas) de 10 a 17 anos, composto por três variáveis dependentes: aptidão cardiorrespiratória (ApC), força/resistência muscular (F/R) e flexibilidade (Flex). Para a medida e classificação da ApFRS (recomendada ou baixa) foi utilizada a bateria de testes com os pontos de corte propostos pelo Projeto Esporte Brasil. As variáveis independentes foram organizadas em três blocos: indicadores sociodemográficos (seis fatores), comportamentais (nove fatores) e antropométricos (três fatores). Para a análise dos dados utilizou-se estatística descritiva, teste de qui-quadrado para heterogeneidade e para tendência e regressão logística binária. O modelo multivariado final considerou apenas fatores com nível de significância inferior a 5%. Resultados: As prevalências de baixa ApC, F/R e Flex foram de 74,1% (IC 95%: 71,6-76,5), 27,4% (IC 95%: 25,0-29,7) e 33,1% (IC 95%: 30,6-35,5), respectivamente. A análise multivariada indicou que dos 18 fatores analisados, nove foram associados à baixa ApC e cinco, à baixa F/R e à Flex. Apenas a idade (direta com a baixa ApC e F/R e inversa com a baixa Flex) associou-se (p < 0,05) aos três componentes da ApFRS. Adolescentes classificados como muito sedentários (ApC e F/R), com tempo de tela de três ou mais horas por dia (ApC e Flex) e com indicadores antropométricos aumentados (os três componentes) apresentam mais chance (p < 0,05) de ter baixa ApFRS. Conclusão: Os fatores associados à baixa ApC e à baixa F/R muscular são similares, porém, para a baixa Flex os fatores associados tendem a ser outros. ABSTRACT Introduction: The Health-Related Physical Fitness (HRPF) components are associated with the prevention and reduction of chronic diseases, functional disabilities, and difficulties in performing daily activities. Objective: To identify the prevalence and associated factors with low HRPF in adolescents. Methods: Cross-sectional study conducted with 1,455 students (50.9% girls) from 10 to 17 years old, comprising three dependent variables: cardiorespiratory fitness (CRF), muscular strength/endurance (S/E) and flexibility (Flex). For the measurement and classification of HRPF (recommended or low), a battery of tests was used, as well as the cutoff points proposed by Projeto Esporte Brasil. The independent variables were organized into three blocks of indicators: sociodemographic (six factors), behavioral (nine factors), and anthropometric (three factors). Data analysis was done by descriptive statistics, chi-squared test for heterogeneity and trend, and binary logistic regression. The multivariable final model considered only factors with p-value lower than 0.05. Results: The prevalence of low CRF, S/E and Flex was 74.1% (95% CI: 71.6-76.5), 27.4% (95% CI: 25.0-29.7) and 33.1% (95% CI: 30.6-35.5), respectively. Multivariate analyses indicated that from the 18 factors analyzed, nine were associated with low CRF, and five with low S/E and Flex. Only the age (directly to low CRF and S/E and inversely to low Flex) was associated (p |