Analysis of differential gene expression under water-deficit stress and genetic diversity in bambara groundnut (Vigna subterranea (L.) Verdc.) using novel high-throughput technologies

Autor: Stadler, Florian
Přispěvatelé: Wenzel, Gerhard (Prof. Dr.), Mohler, Volker (Priv.-Doz. Dr.)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2010
Předmět:
Popis: Bambara groundnut is a drought-tolerant African legume. In order to estimate biodiversity, a DArT genotyping array was developed from which 296 unique markers were obtained. It was shown that the cultivated form was characterised by a generally narrow genetic basis and further genetic bottlenecks occurred with the dispersal of germplasm. Through 454 pyrosequencing of eight cDNA populations from contrasting genotypes and different treatments and a cDNA microarray constructed from selected transcripts, a complex network of gene regulation in leaves under water-deficit was described. In addition, two potentially novel candidate genes for drought-tolerance were identified. The approaches presented in this thesis could serve as an example to produce significant population genetic and transcriptomic data for other under-researched crops in a time- and cost-efficient way. Die Bambara-Erdnuss ist eine in Afrika heimische, trockenheitstolerante Leguminose. Zur Abschätzung ihrer Biodiversität wurde ein DArT-Genotypisierungsarray entwickelt, aus dem 296 unikale Marker hervorgingen. Es zeigten sich eine grundsätzlich schmale genetische Basis der Kulturform und zusätzliche genetische Engpässe im Zuge der Verbreitung. Durch 454-Pyrosequenzierung von acht cDNA-Populationen aus kontrastierenden Genotypen und unterschiedlichen Behandlungen und einen aus ausgewählten Transkripten erstellten cDNA-Mikroarray wurde ein komplexes Netzwerk der Genregulation in Blättern unter Wassermagel beschrieben. Zudem gelang die Identifikation zweier potentiell neuartiger Kandidatengene für Trockenheitstoleranz. Die in dieser Arbeit vorgestellten Ansätze können als Beispiel für andere wenig erforschte Arten dienen, um aussagekräftige populationsgenetische und transkriptomische Daten zügig und kostengünstig zu erzeugen.
Databáze: OpenAIRE