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Durch die Sequenzierung des Genoms eines Organismus steht die vollständige Information über die relative Anordnung einzelner genetischer Objekte zur Verfügung. Die vorgelegte Arbeit analysiert diese Daten in Hinblick auf Gruppen gleichartiger Objekte, die mehrfach in Nachbarschaft zueinander auftreten. Dabei werden drei unterschiedliche Ebenen betrachtet. Auf Ebene der DNA-Sequenz dient die Analyse der Identifizierung segmentaler Duplikationen in Arabidopsis thaliana. Auf Gen-Ebene übertragen fungiert die Methode als Syntenie-Vorhersage, hier angewandt auf fungale Genome sowie auf verschiedene Chlamydien-Arten. Zur Analyse auf funktionaler Ebene wird das Konzept des Attribut-Clusters eingeführt, das eine Kontext basierte Methode zur funktionalen Annotation von Genen darstellt. A genome sequence provides the complete information regarding the relative order of single genetic elements. The work presented here analyzed these data in order to identify groups of equal objects, which are repeatedly found in close neighborhood to each other. Within the scope of this study, three different levels got considered for an analysis. On the DNA sequence level, the analysis identified segmental duplications in Arabidopsis thaliana. Transferred to the gene level, the method performs as a synteny prediction tool. As such, it was applied to fungal genomes and to different Chlamydia species respectively. For an analysis on the functional level, the concept of attribute clusters got introduced. A new context based method for the functional annotation of genes is now available. |
