Valorisation des ressources génétiques du pommier dans une population d'amélioration élite grâce à la sélection génomique
| Autor: | Cazenave, Xabi |
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| Přispěvatelé: | STAR, ABES |
| Jazyk: | francouzština |
| Rok vydání: | 2022 |
| Předmět: | |
| Popis: | Apple breeding programs worldwide have usually been using a few recurrent parents for decades, which has resulted in a narrow genetic base in elite populations that is worrisome for many breeders. In this context, genotypes from genetic resources that contain rare favourable alleles could be used to broaden the genetic base of elite material. Genomic selection could then be an appealing approach in order to efficiently harness this diversity in a pre-breeding program. The aim of this thesis is to explore the value of genomic selection in such programs in apple. In order to use high density genotypic data to build prediction models, we first used simulations to quantify the imputation accuracy that could be obtained in several biparental families and showed that high quality imputed genotypic data could be obtained. We then explored the benefits of combining genetic resources and elite material into a single, diverse training set that could be used in multiple contexts and obtained moderate to high predictive abilities in doing so. We finally simulated two pre-breeding schemes and showed that genomic selection could lead to a higher genetic gain per unit of time and increases in rare allele frequencies than using phenotypic selection. The results from this work suggest that genomic selection could help improve the efficiency of pre-breeding programs in apple Les programmes d’amélioration à l’échelle mondiale chez le pommier utilisent de façon récurrente un petit nombre de variétés comme géniteurs. Cette base génétique étroite des populations d’amélioration élite est une préoccupation pour les sélectionneurs. Dans ce contexte, l’utilisation de ressources génétiques présentant des allèles favorables rares pourrait permettre d’’enrichir cette base génétique. La sélection génomique pourrait alors représenter une approche intéressante pour valoriser de tels génotypes dans un programme de pré-breeding. L’objectif de cette thèse est d’étudier l’intérêt de la sélection génomique dans de tels programmes chez le pommier. Afin de construire des modèles de prédiction basés sur un grand nombre de marqueurs, nous avons dans un premier temps étudié par simulations la précision d’imputation qu’il était possible d’atteindre dans des familles biparentales et avons montré qu’il était possible d’obtenir des données imputées de haute qualité. Nous avons par la suite évalué l’intérêt de combiner des ressources génétiques et du matériel élite afin de constituer une population d’entrainement à large diversité utilisable dans différents contextes et avons obtenu des précisions de prédiction modérées à élevées selon le trait étudié. Nous avons enfin simulé deux schémas de pré-breeding et avons montré que la sélection génomique pouvait permettre un gain génétique par unité de temps et une augmentation de la fréquence des allèles favorables rares plus importants que la sélection phénotypique. Les résultats de la thèse montrent que la sélection génomique peut permettre d’améliorer l’efficacité des programmes de pré-breeding chez le pommier. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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