The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022

Autor: Nevers, Yannis, Jones, Tamsin, Jyothi, Dushyanth, Yates, Bethan, Ferret, Meritxell, Portell-Silva, Laura, Codo, Laia, Cosentino, Salvatore, Marcet-Houben, Marina, Vlasova, Anna, Poidevin, Laetitia, Kress, Arnaud, Hickman, Mark, Persson, Emma, Piližota, Ivana, Guijarro-Clarke, Cristina, Altenhoff, Adrian, Bruford, Elspeth, Dessimoz, Christophe, Ebersberger, Ingo, Emms, David, Gabaldón, Toni, Glover, Natasha, Hu, Yanhui, Iwasaki, Wataru, Lecompte, Odile, Linard, Benjamin, Martin, Maria, Roos, David, Sonhammer, Erik, Thomas, Paul, Thybert, David, Vandepoele, Klaas, Capella-Gutierrez, Salvador, Codó, Laia, Gonzalez-Uriarte, Asier, Garrayo-Ventas, Javier, Repchevsky, Dmitry, Sundesha, Vicky, Sonnhammer, Erik
Přispěvatelé: Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), European Molecular Biology Laboratory (EMBL) (core funds to D.J. and M.J.M.), National Institutes of Health [U24HG007822 to D.J. and M.J.M., 75N93019C00077 to D.S.R.], National Human Genome Research Institute (NHGRI) [U24HG003345 to T.E.M.J, B.Y., E.A.B.], JSPS KAKENHI [16H06279, 19H05688 to W.I.], JST CREST [JPMJCR19S2 to W.I.], MEXT [JPMXD1521474594 to W.I.], Horizon 2020 [676559 to S.C.-G., 637765] (to D.M.E.), ELIXIR (to S.C.-G.), Wellcome Grant [208349/Z/17/Z to E.A.B.], National Science Foundation (USA) [1917302 to P.D.T.], Wellcome Trust [WT-218288, WT-212929 to D.S.R.], Service and Infrastructure grant from the Swiss Institute of Bioinformatics, Swiss National Science Foundation [186397, 205085 to C.D.]. Funding for open access charge: Swiss National Science Foundation [205085].
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2022
Předmět:
Zdroj: Nucleic Acids Research
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (W1), pp.W623-W632. ⟨10.1093/nar/gkac330⟩
ISSN: 0305-1048
1362-4962
Popis: International audience; The Orthology Benchmark Service (https://orthology.benchmarkservice.org) is the gold standard for orthology inference evaluation, supported and maintained by the Quest for Orthologs consortium. It is an essential resource to compare existing and new methods of orthology inference (the bedrock for many comparative genomics and phylogenetic analysis) over a standard dataset and through common procedures. The Quest for Orthologs Consortium is dedicated to maintaining the resource up to date, through regular updates of the Reference Proteomes and increasingly accessible data through the OpenEBench platform. For this update, we have added a new benchmark based on curated orthology assertion from the Vertebrate Gene Nomenclature Committee, and provided an example meta-analysis of the public predictions present on the platform.
Databáze: OpenAIRE
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