Processing Oxford Nanopore Long Reads Using Amazon Web Services
| Autor: | Shapovalova, V.V., Radko, S.P., Ptitsyn, K.G., Krasnov, G.S., Nakhod, K.V., Konash, O.S., Vinogradina, M.A., Ponomarenko, E.A., Druzhilovskiy, D.S., Lisitsa, A.V. |
|---|---|
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2020 |
| Předmět: |
ComputingMethodologies_PATTERNRECOGNITION
PROTOCOLS OF EXPERIMENTS USEFUL MODELS PROGRAMS AND SERVICES cloud computing bioinformatics sequencing RNA transcript postgenomic technologies нанопоровое секвенирование облачные вычисления биоинформатика секвенирование РНК транскриптом постгеномные технологии |
| Zdroj: | Biomedical Chemistry: Research and Methods |
| Popis: | Studies of genomes and transcriptomes are performed using sequencers that read the sequence of nucleotide residues of genomic DNA, RNA, or complementary DNA (cDNA). The analysis consists of an experimental part (obtaining primary data) and bioinformatic processing of primary data. The bioinformatics part is performed with different sets of input parameters. The selection of the optimal values of the parameters, as a rule, requires significant computing power. The article describes a protocol for processing transcriptome data by virtual computers provided by the cloud platform Amazon Web Services (AWS) using the example of the recently emerging technology of long DNA and RNA sequences (Oxford Nanopore Technology). As a result, a virtual machine and instructions for its use have been developed, thus allowing a wide range of molecular biologists to independently process the results obtained using the "Oxford nanopore". Исследования геномов и транскриптомов проводят с помощью секвенаторов, позволяющих считывать последовательность нуклеотидных остатков геномной ДНК, РНК или комплементарной ДНК. Каждое секвенирование биополимеров состоит из экспериментальной части (получение первичных данных) и их обработки средствами биоинформатики с использованием различных наборов входных параметров и значительных вычислительных мощностей. В статье описан протокол обработки транскриптома человека с применением виртуальных вычислительных машин, предоставляемых облачной платформой Amazon Web Services (AWS). Свободно и комерчески доступные возможности AWS рассмотрены с учетом требований к вычислительным ресурсам недавно анонсированной технологии длинных прочтений последовательностей ДНК и РНК («Oxford Nanopore Technology», Великобритания). Как результат нами был развернута виртуальная вычислительная машина в рамках доступных на AWS систем облачных решений и разработана инструкция для работы с ней, позволяющая молекулярным биологам самостоятельно адаптировать представленные вычислительные возможности для обработки результатов, полученных с использованием нанопорового секвенатора. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
|