Identificación de las larvas de peces mediante MtDNA en la parte sur de la Gran Barrera de Coral, Australia

Autor: Pegg, Graham G., Sinclair, Billy, Briskey, Leica, Aspden, William J.
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2006
Předmět:
Zdroj: Scientia Marina; Vol 70, No S2 (2006); 7-12
ISSN: 0214-8358
1886-8134
DOI: 10.3989/scimar.2006.70s2
Popis: Planktonic larvae were captured above a shallow coral reef study site on the Great Barrier Reef (GBR) around spring-summer new moon periods (October-February) using light trap or net capture devices. Larvae were identified to the genus or species level by comparison with a phylogenetic tree of tropical marine fish species using mtDNA HVR1 sequence data. Further analysis showed that within-species HVR1 sequence variation was typically 1-3%, whereas between-species variation for the same genus ranged up to 50%, supporting the suitability of HVR1 for species identification. Given the current worldwide interest in DNA barcoding and species identification using an alternative mtDNA gene marker (cox1), we also explored the efficacy of different primer sets for amplification of cox1 in reef fish, and its suitability for species identification. Of those tested, the Fish-F1 and -R1 primer set recently reported by Ward et al. (2005) gave the best results.
Las larvas estudiadas fueron capturadas en el plancton de una zona coralina somera en la Gran Barrera de Coral en períodos de luna-nueva de la estación primavera-verano (octubre-febrero). Su captura se realizó mediante trampas de luz o redes de plancton. Las larvas fueron identificadas a nivel de género o especie por la comparación de un árbol filogenético de especies de peces tropicales marinas usando datos de la secuencia HVR1 del DNA mitocondrial. El análisis adicional demostró que, para una misma especie, la variación de la secuencia HVR1 era típicamente 1-3%, mientras que entre especies del mismo género la variación fue de hasta 50%, apoyando la conveniencia del uso del HVR1 para la identificación a nivel específico. Dado el interés mundial actual en el “código de barras genético” y en la identificación de especies usando otro marcador genético de DNA mitochondrial, el cox1, se exploró también la eficacia de diversos “primers” para la amplificación del cox1 en peces de los arrecifes, y su conveniencia para la identificación específica. De los “primers” probados, el Fish-F1 y el -R1 set recientemente reportado por Ward et al. (2005) dieron los mejores resultados.
Databáze: OpenAIRE
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