Les populations expérimentales de cartographie génétique

Autor: Dominique de Vienne, Xavier Montagutelli
Přispěvatelé: Génétique Fonctionnelle de la Souris, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Végétale (GV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National Agronomique Paris-Grignon (INA P-G)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Rok vydání: 2008
Předmět:
Zdroj: médecine/sciences
médecine/sciences, EDP Sciences, 2008, 24 (1), pp.77-80. ⟨10.1051/medsci/200824177⟩
médecine/sciences, 2008, 24 (1), pp.77-80. ⟨10.1051/medsci/200824177⟩
ISSN: 1958-5381
0767-0974
DOI: 10.1051/medsci/200824177
Popis: A l’âge venerable de pres d’un siecle, la cartographie genetique reste une approche centrale en biologie, a laquelle on a recours dans des contextes varies, et avec des objectifs tres differents : analyse de l’organisation des genomes (duplications, inversions, etc.), cartographie comparee (etude de la conservation de la syntenie entre differentes especes), cartographie de QTL (quantitative trait loci) et de eQTL (QTL d’expression), genetique d’association, isolement de genes (positional cloning), SAM (selection assistee par marqueurs), etc. Les populations genetiques utilisees, dont le choix repond a des objectifs specifiques, se sont diversifiees, surtout depuis que l’on dispose de marqueurs moleculaires en nombre quasiment illimite. Il n’est pas toujours facile de s’y retrouver parce que les croisements mis en œuvre sont varies et que, ces populations ayant ete developpees independamment chez les vegetaux et les rongeurs de laboratoires, le vocabulaire associe differe souvent entre les deux domaines. Cet article fait le point sur la terminologie des populations experimentales les plus courantes, leur mode d’obtention, leurs particularites et leurs interets. Nous considererons les descendances dont le genome est fixe a l’etat homozygote, et qui peuvent donc etre perpetuees a l’identique par croisements freres-sœurs ou autofecondation. Comme elles sont issues de croisements entre des populations homozygotes a tous leurs locus (lignees pures, ou fixees, ou consanguines), il n’y a que deux alleles par locus. Les populations experimentales peuvent etre classees selon : la region genomique etudiee : certaines populations sont developpees dans le but d’analyser la fonction d’un gene ou d’une region chromosomique, alors que d’autres visent a etudier l’ensemble du genome ; le type de croisement ayant permis de les obtenir. On distingue ici les populations experimentales selon qu’elles sont issues d’une descendance F2 ou d’un retro-croisement. C’est ce second critere que nous avons prefere, et qui est utilise dans le Tableau I et les Figures 1 et 2. D’une facon generale, l’interet de travailler sur des lignees genetiquement homogenes et non sur des populations en segregation est de pouvoir effectuer des mesures phenotypiques non sur des individus isoles, mais sur un groupe d’individus isogeniques, afin d’accroitre la precision de ces mesures, de ponderer l’influence des facteurs d’environnement, d’evaluer la variance intra-groupe et de comparer l’effet du sexe a genotype constant. Elles permettent egalement a differents laboratoires de travailler sur le meme materiel genetique, pour comparer, correler, voire compiler leurs resultats. La plus petite variation genetique qu’il est possible d’etudier concerne un seul gene (ou toute sequence susceptible d’avoir un effet phenotypique). Elle peut avoir pour origine une mutation spontanee, une mutation produite par mutagenese aleatoire (par un agent physique ou chimique) ou une modification induite par transgenese ou par recombinaison homologue. Dans ce cas, la lignee obtenue ne differe de la lignee consanguine de depart qu’au niveau de ce gene, et toute difference phenotypique observee peut donc etre lui etre attribuee. Ces lignees sont des modeles de choix pour demontrer le role d’un gene ou autre sequence dans un caractere, par exemple a l’issue d’une etape de cartographie genetique. X. Montagutelli : Unite postulante de Genetique fonctionnelle de la Souris, CNRS URA 2578, Institut Pasteur, 25, rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France. D. de Vienne : UMR de Genetique vegetale, INRA-Universite Paris-SudCNRS-AgroParisTech, Ferme du Moulon, 91190 Gif-sur-Yvette, France. xmonta@pasteur.fr
Databáze: OpenAIRE
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