Genetic variation in long noncoding RNAs and the risk of nonalcoholic fatty liver disease
| Autor: | Cristian Oscar Rohr, Tomás Fernández Gianotti, Gustavo Osvaldo Castaño, Silvia Cristina Sookoian, Adrián Emanuel Salatino, Carlos José Pirola, Hernán Dopazo |
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| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2017 |
| Předmět: |
0301 basic medicine
Gerontology Male medicine.medical_specialty GENE EXPRESSION Otras Ciencias Biológicas lncRNAs Gene Expression Genomics Disease DNA sequencing Epigenesis Genetic purl.org/becyt/ford/1 [https] Ciencias Biológicas 03 medical and health sciences Non-alcoholic Fatty Liver Disease Molecular genetics NAFLD Nonalcoholic fatty liver disease Genetic variation medicine Humans Genetic Predisposition to Disease LNCRNAS nonalcoholic steatohepatitis purl.org/becyt/ford/1.6 [https] Genetics medicine.diagnostic_test epigenetics business.industry NONALCOHOLIC STEATOHEPATITIS Genetic Variation Middle Aged medicine.disease EPIGENETICS 030104 developmental biology Oncology Liver biopsy Female RNA Long Noncoding Steatohepatitis business CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS Research Paper |
| Zdroj: | Oncotarget CONICET Digital (CONICET) Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas instacron:CONICET |
| Popis: | The human transcriptome comprises a myriad of non protein-coding RNA species, including long noncoding RNAs (lncRNAs), which have a remarkable role in transcriptional and epigenetic regulation. We hypothesized that variants in lncRNAs influence the susceptibility to nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD). Using next generation sequencing, we performed a survey of genetic variation associated with randomly selected lncRNA-genomic regions located within both experimentally validated and computationally predicted regulatory elements. We used a two-stage (exploratory, n = 96 and replication, n = 390) case-control approach that included well-characterized patients with NAFLD diagnosed by liver biopsy. We sequenced > 263 megabase pairs at quality score > Q17, in a total of 2,027,565 reads, including 170 lncRNA-genomic regions. In the sequencing analysis and the validated dataset, we found that the rs2829145 A/G located in a lncRNA (lnc-JAM2-6) was associated with NAFLD and the disease severity. Prediction of regulatory elements in lnc-JAM2-6 showed potential sequence-specific binding motifs of oncogenes MAFK and JUND, and the transcription factor CEBPB that is involved in inflammatory response. The A-allele was significantly associated with NAFLD as disease trait (p = 0.0081) and the disease severity (NASH-nonalcoholic steatohepatitis vs. controls: OR 2.36 [95% CI: 1.54-3.62], p = 0.000078). The A-allele carriers also have significantly higher body mass index and glucose-related traits compared with homozygous GG. Hence, our results suggest that variation in lncRNAs contributes to NAFLD severity, while pointing toward the complexity of the genetic component of NAFLD, which involves still unexplored regulatory regions of the genome. Fil: Sookoian, Silvia Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina Fil: Rohr, Cristian Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina Fil: Salatino, Adrián Emanuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina Fil: Dopazo, Hernán Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina Fil: Fernández Gianotti, Tomás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina Fil: Castaño, Gustavo Osvaldo. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Dr. Abel Zubizarreta"; Argentina Fil: Pirola, Carlos José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Médicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Médicas; Argentina |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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