Robustness of the parsimonious reconciliation method in cophylogeny
| Autor: | Laura Urbini, Marie-France Sagot, Catherine Matias, Blerina Sinaimeri |
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| Přispěvatelé: | Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Laboratoire de Probabilités et Modèles Aléatoires (LPMA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Epidémiologie et de santé publique, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre) |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2016 |
| Předmět: |
0301 basic medicine
Scheme (programming language) Root (linguistics) Computer science Cophylogeny 0206 medical engineering Context (language use) 02 engineering and technology computer.software_genre Machine learning Measure (mathematics) 03 medical and health sciences Event-based methods Measure for tree reconciliation comparison Parsimony Robustness Robustness (computer science) [INFO]Computer Science [cs] computer.programming_language business.industry Tree (data structure) 030104 developmental biology Data mining Artificial intelligence [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] business Host (network) computer 020602 bioinformatics |
| Zdroj: | Lecture Notes in Computer Science Lecture Notes in Computer Science, 2016, Algorithms for Computational Biology, 9702, pp.12. ⟨10.1007/978-3-319-38827-4_10⟩ Algorithms for Computational Biology ISBN: 9783319388267 AlCoB Lecture Notes in Computer Science, Springer, 2016, Algorithms for Computational Biology, 9702, pp.12. ⟨10.1007/978-3-319-38827-4_10⟩ |
| ISSN: | 0302-9743 |
| Popis: | International audience; The aim of this paper is to explore the robustness of the parsimonious host-symbiont tree reconciliation method under editing or small perturbations of the input. The editing involves making different choices of unique symbiont mapping to a host in the case where multiple associations exist. This is made necessary by the fact that no tree reconciliation method is currently able to handle such associations. The analysis performed could however also address the problem of errors. The perturbations are re-rootings of the symbiont tree to deal with a possibly wrong placement of the root specially in the case of fast-evolving species. In order to do this robustness analysis, we introduce a simulation scheme specifically designed for the host-symbiont cophylogeny context, as well as a measure to compare sets of tree reconciliations, both of which are of interest by themselves. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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