Genotyping strategy for the FMR1 gene: An alternative diagnostic method for the Fragile X syndrome and other trinucleotide expansion diseases
| Autor: | Saúl Lindo-Samanamud, Olimpio Ortega, Mario Cornejo-Olivas, Victoria Marca, Keren Espinoza-Huertas, Pilar Mazzetti |
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| Jazyk: | Spanish; Castilian |
| Rok vydání: | 2013 |
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| Zdroj: | Revista Médica Herediana, Vol 24, Iss 4, Pp 269-276 (2013) Revista Medica Herediana; Vol 24 No 4 (2013): octubre-diciembre; 269 Revista Medica Herediana; Vol. 24 Núm. 4 (2013): octubre-diciembre; 269 Revistas-Universidad Peruana Cayetano Heredia Universidad Peruana Cayetano Heredia instacron:UPCH Redalyc Revista Medica Herediana, Volume: 24, Issue: 4, Pages: 269-276, Published: OCT 2013 |
| ISSN: | 1729-214X 1018-130X |
| Popis: | Objetivos: Diseñar una estrategia alternativa por PCR para el genotipado de secuencias ricas en citosinas, basada en modificación nucleotídica. Material y métodos: Se modificó el gen FMR1 nativo de ocho individuos clínicamente no afectados por el Síndrome X frágil, cambiando las citosinas por uracilos, empleando bisulfito de sodio. El ADN modificado fue purificado y cuantificado por espectrofotometría. Las estructuras alternativas y potenciales islas CpG que adopta el microsatélite inestable fueron simuladas con los programas MFOLD y CpGplot. Se generaron cebadores específicos que hibriden tanto con el microsatélite modificado (Primer T) y con una secuencia modificada de las islas CpG (Primer M), utilizando el programa MethPrimer. Finalmente, ambas secuencias fueron amplificadas por PCR y los amplicones fueron separados por electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE por sus siglas en inglés) al 6% y visualizados con tinción de nitrato de plata. Resultados: La modificación del ADN fue evidenciada por espectrofotometría al uracilo. Las estructuras observadas en la simulación fueron las horquillas encontrándose dos potenciales islas CpG. La amplificación con los cebadores T, confirmó el diseño in silico desarrollado para abordar la estructura en horquillas. La amplificación con los cebadores M permitió detectar metilación de la primera isla CpG del gen FMR1.Conclusión: Se propone un diseño alternativo para amplificación de secuencias de microsatélite que contengan citosinas metiladas y no metiladas. Se requieren estudios posteriores con muestras de ADN que contengan microsatélites muy expandidos para validar su aplicación para diagnóstico molecular. Objectives: To design an alternative strategy for genotyping cytosine-rich sequences using PCR and nucleotide modification. Methods: The FMR1 gene wild type was modified in the DNA obtained from eight individuals clinically unaffected for Fragile X Syndrome; cytosines were replaced by uracils using sodium bisulfite. Modified DNA was purified and quantified by spectrophotometry. Alternative structures and potential CpG islands of the unstable microsatellite were simulated using MFOLD and CpGplot tools. Specific primers were generated to hybridize with both the modified microsatellite (Primer G) and a modified sequence of CpG islands (Primer M) using the MethPrimer software. Finally, both sequences were amplified by PCR and the amplicons were separated by electrophoresis in silver-stained PAGE 6% gels. Results: The DNA modification was evidenced by spectrophotometry to uracil. We found two potential CpG islands. The amplification with T primers confirmed the "in silico" design developed to engage hairpin structures. The amplification with M primers detected methylation of the first CpG island in the FMR1 gene. Conclusion: We propose an alternative design for amplifying microsatellite sequences that contain methylated and unmethylated cytosine bases. Further studies are required with DNA samples containing expanded microsatellites to validate its molecular diagnostic application |
| Databáze: | OpenAIRE |
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