A complete collection of single‐gene deletion mutants of Acinetobacter baylyi ADP1

Autor: Jean Weissenbach, Volker Döring, Annett Kreimeyer, David Vallenet, Claudine Médigue, Sumitta Samair, Marielle Besnard, Georges N. Cohen, Corinne Cruaud, Vincent Schächter, Christophe Lechaplais, François Le Fèvre, Véronique de Berardinis, Vanina Castelli, Maxime Durot, Philippe Marlière, Claude Scarpelli, Gabor Gyapay, Valérie Pezo, Marcel Salanoubat, Agnès Pinet, Céline Richez
Přispěvatelé: Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Ingénierie Logiciels et Systèmes (DILS), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Structure et évolution des génomes (SEG), CNS-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University College of London [London] (UCL), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Isthmus SARL
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2008
Předmět:
Acinetobacter baylyi ADP1
Deletion mutant
Systems biology
Mutant
Biology
medicine.disease_cause
Models
Biological
Article
General Biochemistry
Genetics and Molecular Biology
03 medical and health sciences
Bacterial Proteins
[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN]
Escherichia coli
medicine
essential genes
[SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology
Gene
ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
DNA Primers
030304 developmental biology
Genetics
0303 health sciences
Acinetobacter
Models
Genetic
General Immunology and Microbiology
030306 microbiology
Pseudomonas aeruginosa
Systems Biology
Applied Mathematics
Chromosome Mapping
Gene Expression Regulation
Bacterial
biology.organism_classification
Carbon
Culture Media
growth phenotype
Computational Theory and Mathematics
Mutation
deletion mutants
General Agricultural and Biological Sciences
metabolism
Gene Deletion
Function (biology)
Bacteria
Information Systems
Zdroj: Molecular Systems Biology
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2008, 4 (1), pp.174. ⟨10.1038/msb.2008.10⟩
Molecular Systems Biology, 2008, 4 (1), pp.174. ⟨10.1038/msb.2008.10⟩
ISSN: 1744-4292
Popis: International audience; We have constructed a collection of single-gene deletion mutants for all dispensable genes of the soilbacterium Acinetobacter baylyi ADP1. A total of 2594 deletion mutants were obtained, whereas 499(16%) were not, and are therefore candidate essential genes for life on minimal medium. Thisessentiality data set is 88% consistent with the Escherichia coli data set inferred from the Keiomutant collection profiled for growth on minimal medium, while 80% of the orthologous genesdescribed as essential in Pseudomonas aeruginosa are also essential in ADP1. Several strategies wereundertaken to investigate ADP1 metabolism by (1) searching for discrepancies between ouressentiality data and current metabolic knowledge, (2) comparing this essentiality data set to thosefrom other organisms, (3) systematic phenotyping of the mutant collection on a variety of carbonsources (quinate, 2-3 butanediol, glucose, etc.). This collection provides a newresource for the studyof gene function by forward and reverse genetic approaches and constitutes a robust experimentaldata source for systems biology approaches.
Databáze: OpenAIRE
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