Structure of the zinc finger domain encompassing residues 13–51 of the nucleocapsid protein from simian immunodeficiency virus

Autor: Nelly Morellet, Serge Bouaziz, Bernard P. Roques, Hervé Meudal
Přispěvatelé: Unité de Pharmacologie Chimique et Génétique (UPCG - UMR_S 640/UMR 8151), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement (IFR71), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Centre de biophysique moléculaire (CBM), Université d'Orléans (UO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Unité de Pharmacologie Chimique et Génétique ( UPCG - UMR_S 640/UMR 8151 ), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement ( IFR71 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de biophysique moléculaire ( CBM ), Université d'Orléans ( UO ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bouaziz, Serge, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement (IFR71), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université d'Orléans (UO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2006
Předmět:
Models
Molecular
Magnetic Resonance Spectroscopy
MESH: Sequence Homology
Amino Acid
Protein Conformation
MESH: Amino Acid Sequence
medicine.disease_cause
Biochemistry
gag Gene Products
Human Immunodeficiency Virus
chemistry.chemical_compound
MESH: Protein Structure
Tertiary
MESH: Protein Conformation
MESH: Capsid Proteins
Genetics
Zinc finger
0303 health sciences
[SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM]
030302 biochemistry & molecular biology
Zinc Fingers
Nucleocapsid Proteins
MESH: gag Gene Products
Human Immunodeficiency Virus
3. Good health
DNA-Binding Proteins
MESH: Gene Products
gag
zinc finger domain
Simian Immunodeficiency Virus
nucleocapsid protein
MESH: Models
Molecular
Research Article
[SDV.BBM.BS] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM]
Viral protein
MESH: Simian Immunodeficiency Virus
Molecular Sequence Data
Gene Products
gag
Biology
03 medical and health sciences
Viral Proteins
medicine
MESH: Zinc Fingers
MESH: Hydrogen Bonding
Amino Acid Sequence
Molecular Biology
030304 developmental biology
SIVlhoest
MESH: Molecular Sequence Data
Sequence Homology
Amino Acid
Oligonucleotide
MESH: Magnetic Resonance Spectroscopy
RNA
MESH: Nucleocapsid Proteins
Hydrogen Bonding
Cell Biology
Simian immunodeficiency virus
Zinc finger nuclease
Virology
MESH: Viral Proteins
Reverse transcriptase
NMR
Protein Structure
Tertiary
chemistry
Capsid Proteins
HIV type 1
DNA
MESH: DNA-Binding Proteins
Zdroj: Biochemical Journal
Biochemical Journal, Portland Press, 2006, 393 (3), pp.725-732. ⟨10.1042/BJ20051203⟩
Biochemical Journal, Portland Press, 2006, 393 (3), pp.725-732. 〈10.1042/BJ20051203.〉
Biochemical Journal, 2006, 393 (3), pp.725-732. ⟨10.1042/BJ20051203⟩
ISSN: 0264-6021
1470-8728
Popis: International audience; The NCps (nucleocapsid proteins) of HIV-1 (HIV type 1), HIV-2 and SIV (simian immunodeficiency virus) are small highly basic proteins, characterized by the presence of two CCHC ZF (zinc finger) domains. NCps, closely associated with the dimeric RNA genome in the core of the virus particle, were shown to promote the specific encapsidation of the viral RNA and are implicated in reverse transcription. Solution structure of the HIV-1 NCp7 and complexes of NCp7 with RNA or DNA showed the critical relationships between the structure and its various functions. HIV-1 and HIV-2 have resulted respectively from transmissions of SIV from chimpanzees and sooty mangabeys. It has been shown that the SIVlhoest (SIV from l'Hoest monkeys) also has the potential to infect human populations. Since monkeys are of great interest for clinical studies of antiviral drugs, the structure of (13-51)NCp8 (zinc finger domain of NCp8, encompassing residues 13-51) from SIVlhoest was determined by NMR to appraise the influence of major differences in the sequence, since Glu21, Gly43 and Met46 in NCp7 are replaced by Pro, Glu and Phe respectively in this particular NCp8. The structure of (13-51)NCp8 is very well defined, and surprisingly the structure of each ZF is similar in NCp7 and NCp8. Moreover, contrary to NCp7, the two ZFs are strongly locked to each other in this NCp8. This first reported structure of a simian NCp8 compared with that of NCp7 shows that the main structural differences occur at the flexible linker between the two ZFs but the essential residues responsible for the interaction with oligonucleotides adopt the same orientation in the two proteins.
Databáze: OpenAIRE
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