Structure of the zinc finger domain encompassing residues 13–51 of the nucleocapsid protein from simian immunodeficiency virus
Autor: | Nelly Morellet, Serge Bouaziz, Bernard P. Roques, Hervé Meudal |
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Přispěvatelé: | Unité de Pharmacologie Chimique et Génétique (UPCG - UMR_S 640/UMR 8151), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement (IFR71), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Centre de biophysique moléculaire (CBM), Université d'Orléans (UO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Unité de Pharmacologie Chimique et Génétique ( UPCG - UMR_S 640/UMR 8151 ), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement ( IFR71 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de biophysique moléculaire ( CBM ), Université d'Orléans ( UO ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bouaziz, Serge, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement (IFR71), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université d'Orléans (UO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) |
Jazyk: | angličtina |
Rok vydání: | 2006 |
Předmět: |
Models
Molecular Magnetic Resonance Spectroscopy MESH: Sequence Homology Amino Acid Protein Conformation MESH: Amino Acid Sequence medicine.disease_cause Biochemistry gag Gene Products Human Immunodeficiency Virus chemistry.chemical_compound MESH: Protein Structure Tertiary MESH: Protein Conformation MESH: Capsid Proteins Genetics Zinc finger 0303 health sciences [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM] 030302 biochemistry & molecular biology Zinc Fingers Nucleocapsid Proteins MESH: gag Gene Products Human Immunodeficiency Virus 3. Good health DNA-Binding Proteins MESH: Gene Products gag zinc finger domain Simian Immunodeficiency Virus nucleocapsid protein MESH: Models Molecular Research Article [SDV.BBM.BS] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM] Viral protein MESH: Simian Immunodeficiency Virus Molecular Sequence Data Gene Products gag Biology 03 medical and health sciences Viral Proteins medicine MESH: Zinc Fingers MESH: Hydrogen Bonding Amino Acid Sequence Molecular Biology 030304 developmental biology SIVlhoest MESH: Molecular Sequence Data Sequence Homology Amino Acid Oligonucleotide MESH: Magnetic Resonance Spectroscopy RNA MESH: Nucleocapsid Proteins Hydrogen Bonding Cell Biology Simian immunodeficiency virus Zinc finger nuclease Virology MESH: Viral Proteins Reverse transcriptase NMR Protein Structure Tertiary chemistry Capsid Proteins HIV type 1 DNA MESH: DNA-Binding Proteins |
Zdroj: | Biochemical Journal Biochemical Journal, Portland Press, 2006, 393 (3), pp.725-732. ⟨10.1042/BJ20051203⟩ Biochemical Journal, Portland Press, 2006, 393 (3), pp.725-732. 〈10.1042/BJ20051203.〉 Biochemical Journal, 2006, 393 (3), pp.725-732. ⟨10.1042/BJ20051203⟩ |
ISSN: | 0264-6021 1470-8728 |
Popis: | International audience; The NCps (nucleocapsid proteins) of HIV-1 (HIV type 1), HIV-2 and SIV (simian immunodeficiency virus) are small highly basic proteins, characterized by the presence of two CCHC ZF (zinc finger) domains. NCps, closely associated with the dimeric RNA genome in the core of the virus particle, were shown to promote the specific encapsidation of the viral RNA and are implicated in reverse transcription. Solution structure of the HIV-1 NCp7 and complexes of NCp7 with RNA or DNA showed the critical relationships between the structure and its various functions. HIV-1 and HIV-2 have resulted respectively from transmissions of SIV from chimpanzees and sooty mangabeys. It has been shown that the SIVlhoest (SIV from l'Hoest monkeys) also has the potential to infect human populations. Since monkeys are of great interest for clinical studies of antiviral drugs, the structure of (13-51)NCp8 (zinc finger domain of NCp8, encompassing residues 13-51) from SIVlhoest was determined by NMR to appraise the influence of major differences in the sequence, since Glu21, Gly43 and Met46 in NCp7 are replaced by Pro, Glu and Phe respectively in this particular NCp8. The structure of (13-51)NCp8 is very well defined, and surprisingly the structure of each ZF is similar in NCp7 and NCp8. Moreover, contrary to NCp7, the two ZFs are strongly locked to each other in this NCp8. This first reported structure of a simian NCp8 compared with that of NCp7 shows that the main structural differences occur at the flexible linker between the two ZFs but the essential residues responsible for the interaction with oligonucleotides adopt the same orientation in the two proteins. |
Databáze: | OpenAIRE |
Externí odkaz: |