Genetic diversity and population structure of Junin sheep by high-density microarrays of single nucleotide polymorphic markers (SNP)

Autor: Dennis Carhuaricra H., Pablo Orozco-TerWengel, Raúl Rosadio A., Freddy Rojas D., Lenin Maturrano H.
Rok vydání: 2022
Předmět:
Zdroj: Universidad Nacional Mayor de San Marcos
Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú, Volume: 33, Issue: 1, Article number: e21459, Published: 01 JAN 2022
ISSN: 1682-3419
1609-9117
DOI: 10.15381/rivep.v33i1.21459
Popis: RESUMEN El ovino Junín es una raza peruana rústica y adaptada a las zonas altoandinas de la sierra central. Se inició con una base poblacional de ovejas criollas cruzadas con ovinos Corriedale y con posteriores cruces utilizando reproductores del oeste norteamericano (Columbia, Panama y Warhill) así como carneros Corriedale de EEUU y Nueva Zelandia. La empresa ganadera SAIS Tupac Amaru Ltda. N.° 1 es la principal depositaria de una población de alrededor de 100 000 ejemplares. El presente estudio tuvo como objetivo evaluar la diversidad genética y estructura poblacional de esta raza, así como su relación con otras razas. Se analizaron 20 muestras de ovinos del plantel Junín y se emplearon microarreglos de alta densidad de marcadores polimórficos de nucleótido simple (SNP) que contienen más de 500 000 marcadores tipo SNP: El valor de heterocigosidad espera- da (HE) fue de 0.429 y el coeficiente de endogamia de 0.02. En cuanto a la estructura poblacional, el ovino Junín es un grupo genético definido, lo cual sugiere una identidad genética para esta raza. Los individuos son genéticamente cercanos a poblaciones criollas de Brasil y comparte variabilidad con ovinos Corriedale, lo que es esperable por el origen de las ovinos usados para su formación. Los parámetros determinados muestran una buena diversidad genética para el ovino Junín, base para continuar su mejora y su conservación como recurso genético. ABSTRACT The Junín sheep is a rustic Peruvian breed adapted to the high Andean areas of the central highlands. It began with a population base of Creole sheep crossed with Corriedale sheep and with subsequent crosses using males from the North American west (Columbia, Panama and Warhill) as well as Corriedale rams from the USA and New Zealand. The livestock company SAIS Tupac Amaru Ltda. N.° 1 is the main depository of a population of around 100 000 animals. The present study aimed to evaluate the genetic diversity and population structure of this breed, as well as its relationship with other breeds. In total, 20 samples of sheep from the Junín herd were analyzed and high-density microarrays of single nucleotide polymorphic markers (SNPs) containing more than 500 000 SNP-type markers were used. The expected heterozygosity (HE) value was 0.429 and the inbreeding coefficient was 0.02. Regarding the population structure, the Junín sheep is a defined genetic group, which suggests a genetic identity for this breed. The individuals are genetically close to the Brazilian Creole populations and share variability with Corriedale sheep, which is expected due to the origin of the animals used for their formation. The studied parameters showed a good genetic diversity for the Junín sheep, a basis for continuing its improvement and its conservation as a genetic resource.
Databáze: OpenAIRE
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