Boutiques: a flexible framework to integrate command-line applications in computing platforms
| Autor: | Natacha Beck, M. Rousseau, Rafael Ferreira da Silva, Valerie Hayot-Sasson, Guillaume Flandin, Alan C. Evans, Shawn T. Brown, Axel Bonnet, Tristan Aumentado-Armstrong, Charles R.G. Guttmann, Krzysztof J. Gorgolewski, Pierre Rioux, Pierre-Olivier Quirion, Samir Das, Tristan Glatard, Sorina Camarasu-Pop, Gregory Kiar, Frederic Cervenansky, Pierre Bellec, Pascal Girard, Rémi Bernard |
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| Přispěvatelé: | Department of Computer Science and Software Engineering [Montreal] (CSE), Concordia University [Montreal], McConnell Brain Imaging Centre (MNI), Montreal Neurological Institute and Hospital, McGill University = Université McGill [Montréal, Canada]-McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Département d'Informatique et de Recherche Opérationnelle [Montreal] (DIRO), Université de Montréal (UdeM), Aix-Marseille Université - Département Sciences, Arts et Techniques des Images et du Son (AMU SATIS), Aix Marseille Université (AMU), Images et Modèles, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Informatique et développements, Department of Developmental, Molecular and Chemical Biology, Tufts University School of Medicine [Boston], Wellcome Trust Centre for Neuroimaging, University College of London [London] (UCL), Laboratoire de l'intégration, du matériau au système (IMS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stanford University, Brigham and Women's Hospital [Boston], Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 |
| Rok vydání: | 2018 |
| Předmět: |
0301 basic medicine
Computer science Neuroimaging Health Informatics 03 medical and health sciences 0302 clinical medicine Software [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging Technical Note Redundancy (engineering) Humans Publication ComputingMilieux_MISCELLANEOUS computer.programming_language business.industry application integration Brain Computational Biology Reproducibility of Results Neuroinformatics neuroinformatics JSON Computer Science Applications 030104 developmental biology containers [INFO.INFO-ET]Computer Science [cs]/Emerging Technologies [cs.ET] Software engineering business computer 030217 neurology & neurosurgery |
| Zdroj: | GigaScience GigaScience, BioMed Central, 2018, 7 (5), ⟨10.1093/gigascience/giy016⟩ GigaScience, 2018, 7 (5), ⟨10.1093/gigascience/giy016⟩ |
| ISSN: | 2047-217X |
| Popis: | We present Boutiques, a system to automatically publish, integrate, and execute command-line applications across computational platforms. Boutiques applications are installed through software containers described in a rich and flexible JSON language. A set of core tools facilitates the construction, validation, import, execution, and publishing of applications. Boutiques is currently supported by several distinct virtual research platforms, and it has been used to describe dozens of applications in the neuroinformatics domain. We expect Boutiques to improve the quality of application integration in computational platforms, to reduce redundancy of effort, to contribute to computational reproducibility, and to foster Open Science. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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