Use of cpSSRs for the characterisation of yam phylogeny in Benin
| Autor: | H Chaïr, X Perrier, C Agbangla, J L Marchand, O Dainou, J L Noyer |
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| Přispěvatelé: | Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université Nationale du Bénin, Polymorphismes d'intérêt agronomique (UMR PIA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) |
| Rok vydání: | 2005 |
| Předmět: |
0106 biological sciences
Phylogénie IGNAME DE CAYENNE ADN Dioscorea rotundata 01 natural sciences F30 - Génétique et amélioration des plantes Espèce Chloroplaste Igname Benin Phylogeny 2. Zero hunger 0303 health sciences Dioscorea cayenensis Phylogenetic tree Dioscorea DNA Chloroplast F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie General Medicine CHLOROPLAST GENOME ENANTHIOPHYLLUM Microsatellite Electrophoresis Polyacrylamide Gel Biotechnology Species complex DNA Plant IGNAME DE GUINEE Biology Evolution Molecular 03 medical and health sciences Species Specificity Phylogenetics Botany Genetics Domestication Molecular Biology 030304 developmental biology [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics Ressource génétique Genetic diversity Génome Polymorphism Genetic Genetic Variation Taxonomie TAXONOMY 15. Life on land biology.organism_classification Haplotypes Microsatellite Repeats 010606 plant biology & botany |
| Zdroj: | Genome (Ottawa) Genome Genome, NRC Research Press, 2005, 48 (4), pp.674-684. ⟨10.1139/G05-018⟩ |
| ISSN: | 1480-3321 0831-2796 |
| DOI: | 10.1139/g05-018 |
| Popis: | Equipe SRG - UMR DAP; International audience; The Dioscorea cayenensis - Dioscorea rotundata species complex is the most widely cultivated yam in West Africa. This species complex has been described as deriving from wild yams belonging to the Enanthiophyllum section through domestication by African farmers. To study patterns of yam evolution and to establish phylogenetic relationships existing between wild and cultivated species sampled in Benin, we investigated changes in chloroplast DNA simple sequence repeats (cpSSR) in 148 yam accessions selected to cover the wider possible genetic diversity existing in the country. Dioscorea cayenensis and D. rotundata share the same haplotype. The morphotype "abyssinica" appeared to be subdivided into 2 haplotypes. One of these haplotypes shares the same haplotype with the Dioscorea cayenensis - Dioscorea rotundata species complex and with morphotypes praehensilis, suggesting that they might belong to the same species. Relationships among sections Lasiophyton, Macrocapaea, Opsophyton, and Enanthiophyllum were clarified, and some taxonomic changes within the Enanthiophyllum section were suggested. Dioscorea minutiflora, D. smilacifolia, and D. burkilliana might be considered as 1 single genetic group, and they are suspected of belonging to the same species; Le complexe d'espèces Dioscorea cayenensis – Dioscorea rotundata est l'igname la plus cultivée de l'Afrique de l'ouest. Il a été décrit comme résultant de la domestication, par les paysans africains, de formes sauvages d'ignames appartenant à la section Enanthiophyllum. Dans le but de répondre à des interrogations concernant l'évolution de l'igname et d'essayer de compléter les connaissances sur les relations phylogéniques entre les espèces cultivées et les espèces sauvages au Bénin, nous avons étudié la variation du nombre de répétitions de motifs simples de l'ADN chloroplastique (cpSSR) dans 148 accessions d'igname élaborées pour couvrir la diversité génétique présente dans le pays. Dioscorea cayenensis et D. rotundata ont montré le même haplotype. Le morphotype « abyssinica » est subdivisé en 2 haplotypes. L'un des deux partage son haplotype avec le complexe d'espèces Dioscorea cayenensis – Dioscorea rotundata et les morphotypes praehensilis, suggérant qu'ils pourraient appartenir à la même espèce. Les relations entre les sections Lasiophyton, Macrocapaea, Opsophyton et Enanthiophyllum sont plus clarifiées et au sein de la section Enanthiophyllum des modifications taxonomiques sont proposées. Dioscorea minutiflora, D. smilacifolia et D. burkilliana pourraient être considérées comme appartenant au même groupe génétique et probablement à la même espèce |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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