Betaproteobacteria dominance and diversity shifts in the bacterial community of a PAH-contaminated soil exposed to phenanthrene

Autor: Yves Jouanneau, Florence Martin, Denis Le Paslier, Agnès Barbance, Fabrice Martin-Laurent, David Bru, Roberto A. Geremia, Stéphane Torelli, Gérard Blake
Přispěvatelé: Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Département de Chimie Moléculaire (DCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Laboratoire Optimisation de la Conception et Ingénierie de l'Environnement (LOCIE), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux ( LCBM - UMR 5249 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Département de Chimie Moléculaire ( DCM ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] ( GENOSCOPE ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire d'Ecologie Alpine ( LECA ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Université Savoie Mont Blanc ( USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry] ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Optimisation de la Conception et Ingénierie de l'Environnement ( LOCIE ), Université Savoie Mont Blanc ( USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry] ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2012
Předmět:
phenanthrene
MESH : Molecular Sequence Data
Health
Toxicology and Mutagenesis
Stable-isotope probing
010501 environmental sciences
Toxicology
01 natural sciences
MESH: Biodegradation
Environmental
16S rRNA sequences
MESH : Soil Pollutants
chemistry.chemical_compound
[ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Hydrogenophaga
MESH : Biodiversity
Soil Pollutants
PAH degradation
Polycyclic Aromatic Hydrocarbons
MESH: Betaproteobacteria
MESH: Phylogeny
stable isotope probing
Betaproteobacteria
Phylogeny
Soil Microbiology
MESH : Betaproteobacteria
0303 health sciences
education.field_of_study
biology
Chemistry
General Medicine
Biodiversity
Pollution
Soil contamination
[SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Biodegradation
Environmental
Environmental chemistry
Soil microbiology
Population
Molecular Sequence Data
MESH : Biodegradation
Environmental
MESH : Soil Microbiology
betaproteobacteria
MESH: Biodiversity
03 medical and health sciences
MESH: Polycyclic Hydrocarbons
Aromatic
Rhodoferax
MESH: Phenanthrenes
[SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM]
education
MESH : Phenanthrenes
030304 developmental biology
0105 earth and related environmental sciences
MESH: Soil Pollutants
MESH: Molecular Sequence Data
MESH : Phylogeny
Phenanthrene
Phenanthrenes
biology.organism_classification
MESH : Polycyclic Hydrocarbons
Aromatic
MESH: Soil Microbiology
13. Climate action
Zdroj: Environmental Pollution
Environmental Pollution, Elsevier, 2012, 162, pp.345-53. ⟨10.1016/j.envpol.2011.11.032⟩
Environmental Pollution, Elsevier, 2012, 162, pp.345-53. 〈10.1016/j.envpol.2011.11.032〉
Environmental Pollution, 2012, 162, pp.345-53. ⟨10.1016/j.envpol.2011.11.032⟩
ISSN: 0269-7491
1873-6424
DOI: 10.1016/j.envpol.2011.11.032⟩
Popis: International audience; In this study, the PAH-degrading bacteria of a constructed wetland collecting road runoff has been studied through DNA stable isotope probing. Microcosms were spiked with (13)C-phenanthrene at 34 or 337 ppm, and bacterial diversity was monitored over a 14-day period. At 337 ppm, PAH degraders became dominated after 5 days by Betaproteobacteria, including novel Acidovorax, Rhodoferax and Hydrogenophaga members, and unknown bacteria related to Rhodocyclaceae. The prevalence of Betaproteobacteria was further demonstrated by phylum-specific quantitative PCR, and was correlated with a burst of phenanthrene mineralization. Striking shifts in the population of degraders were observed after most of the phenanthrene had been removed. Soil exposed to 34 ppm phenanthrene showed a similar population of degraders, albeit only after 14 days. Results demonstrate that specific Betaproteobacteria are involved in the main response to soil PAH contamination, and illustrate the potential of SIP approaches to investigate PAH biodegradation in soil.
Databáze: OpenAIRE
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