An improved DNA isolation technique for PCR detection of Strongyloides stercoralis in stool samples
Autor: | M.L. Tayeldin, C. D. Alba Soto, S. M. Gonzalez Cappa, S. Cuello, Silvia A. Repetto, S.I. Cazorla, M.B. Lasala, Valeria Tekiel |
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Rok vydání: | 2012 |
Předmět: |
Adult
CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA SALUD Stool sample Veterinary (miscellaneous) Pcr assay Ciencias de la Salud Biology Commercial kit MOLECULAR DIAGNOSIS Polymerase Chain Reaction Sensitivity and Specificity Strongyloides stercoralis chemistry.chemical_compound Feces Species Specificity Animals Humans STOOL SAMPLE DNA ISOLATION Bovine serum albumin Reproducibility of Results Ética Médica DNA Helminth Isolation (microbiology) biology.organism_classification Molecular biology DNA extraction Infectious Diseases chemistry Insect Science Larva biology.protein STRONGYLOIDES STERCORALIS Strongyloidiasis Parasitology NEMATODE DNA ISOLATION DNA |
Zdroj: | Acta tropica. 126(2) |
ISSN: | 1873-6254 |
Popis: | Strongyloides stercoralis is a nematode that causes severe infections in immunocompromised patients. The low parasitic burden of chronically infected patients makes diagnosis difficult to achieve by conventional methods. Here, an in-house (IH) method for the isolation of parasite DNA from stools and a PCR assay for the molecular diagnosis of S. stercoralis were optimized. DNA yield and purity improved with the IH method which included a step of incubation of stool samples with a glycine–SDS buffer and mechanical disruption prior to DNA extraction. For the PCR assay, the addition of bovine serum albumin was required to neutralize inhibitors present in stool. The analytical sensitivity of the PCR using DNA as template, isolated with the IH method, was superior to the commercial one. This study demonstrates that a combined method that adds the step of glycine–SDS buffer incubation plus mechanical disruption prior to DNA isolation with the commercial kit increased PCR sensitivity to levels of the IH method. Finally, our assay was tested on 17 clinical samples. With the IH method for DNA isolation, a S. stercoralis specific band was detected by PCR in the first stool sample in all patients (17/17), while with the commercial kit, our S. stercoralis-specific band was only observed in 7 samples. The superior efficiency of the IH and combined methods over the commercial kit was demonstrated when applied to clinical samples with low parasitic burden. These results show that the DNA extraction procedure is a key to increase sensitivity of the S. stercoralis PCR assay in stool samples. The method developed here could help to improve the molecular diagnosis of S. stercoralis. Fil: Repetto, S. A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina Fil: Alba Soto, Catalina Dirney. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina Fil: Cazorla, Silvia Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina Fil: Tayeldin, Maria Lia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina Fil: Cuello Pagnone, Marina Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina Fil: Lasala, M. B.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina Fil: Tekiel, Valeria Sonia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina Fil: González Cappa, S. M.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina |
Databáze: | OpenAIRE |
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