Identificação de genes de suscetibilidade herdada para o melanoma cutâneo por genotipagem em larga escala

Autor: Oliveira, Cristiane de, 1985
Přispěvatelé: Lima, Carmen Silvia Passos, 1957, Lourenço, Gustavo Jacob, 1978, Chammas, Roger, Serrano, Sérgio Vicente, Bertuzzo, Carmen Sílvia, Torres, Fabio Rossi, Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas, Programa de Pós-Graduação em Fisiopatologia Médica, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
Rok vydání: 2021
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
Popis: Orientadores: Carmen Silvia Passos Lima, Gustavo Jacob Lourenço Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas Resumo: As associações de alterações genéticas herdadas, como polimorfismos gênicos de base única (SNPs) com o risco de melanoma cutâneo (MC), com suas manifestações clinicopatológicas e prognóstico de portadores do tumor não foram estabelecidas e, desta forma, estes foram os objetivos do presente estudo. O DNA genômico de sangue periférico de 103 pacientes com MC e de 103 controles foi analisado por meio de lâminas com microarranjos de DNA (SNPs). As frequências de 12.994 SNPs foram distintas entre pacientes e controles; 6.814 SNPs (52,4%) estiveram localizados em regiões regulatórias da transcrição do DNA (regiões 5¿ e 3¿ não traduzidas e intergênicas), 26 (0,2%) em regiões codificantes de aminoácidos, 6.042 (46,5%) em íntrons e 112 (0,9%) em regiões não identificadas. Dez SNPs localizados em regiões regulatórias da expressão de genes, relacionados com a melanogênese, WNT8B c.-101T>C (rs rs3793772), KIT c.67+12766T>C (rs2017472), GNAI1 g.80130766C>T (rs2079162), ADCY3 c.675+9196T>G (rs11900505), PLCB1 g.8908966C>A (rs4295085), PRKCA c.205+407G>A (rs12601850), PRKCA c.288+33994A>G (rs1806448), CALM2 g.47384601A>G (rs11884600), CREB1 c.303+373G>A (rs10932201) e MITF c.938-325A>G (rs7623610), foram considerados de interesse para o estudo e foram utilizados para a validação dos resultados obtidos na GELE por meio da reação em cadeia da polimerase em tempo real com ensaios TaqMan® (Applied Biosystems®). Todos os SNPs isolados e em combinações específicas de dois a dois alteraram o risco de ocorrência de MC. Os SNPs ADCY3 c.675+9196T>G e MITF c.938-325A>G merecem destaque entre os demais. Os genótipos isolados ADCY3 TT e MITF AA e o genótipo combinado TT+GG + AA+AG dos SNPs estiveram associados a riscos 4,86, 3,13 e 19,17 vezes maiores de ocorrência de MC do que os demais genótipos. Aos 60 meses de observação, os pacientes com o genótipo MITF AA e com o genótipo combinado ADCY3 + MITF TT+AA apresentaram menor SLP (44,5% versus 68,2%, P= 0,007; 22,2% versus 61,3%, P= 0,006) e menor SG (67,7% versus 81,7%, P= 0,009; 44,4% versus 72,5%, P= 0,006) do que os pacientes com os outros genótipos dos genes (Estimativas de Kaplan-Meier). Pacientes com os repectivos genótipos estiveram sob riscos 2,40 e 3,53 vezes maiores de apresentarem progressão da doença e 2,85 e 3,84 vezes maiores de apresentarem evolução para o óbito (análise univariada de Cox). Nossos resultados indicam, pela primeira vez, que SNPs em genes de melanogênese podem contribuir para identificar indivíduos com alto risco de MC e de pacientes com prognóstico desfavorável, que mereçam maior atenção na prevenção, diagnóstico precoce ou terapêutica do tumor Abstract: Combinations of inherited genetic alterations, such as single nucleotide polymorphisms (SNPs) in association with cutaneous melanoma (CM) risk, clinical manifestation and prognosis in patients have not been clarified. Therefore, this was the aim of the present study. Genomic DNA was extracted of the peripheral blood samples of 103 CM patients and 103 controls. Each sample was genotyped using DNA high-resolution microarrays (Affymetrix® SNP 6.0). We observed 12.994 SNPs differentially between patients and controls groups. Among them, 6.814 SNPs (52.4%) were located in regulatory regions of DNA transcription (in 3¿ and 5¿ untranslated), 26 (0.2%) in coding sequence of amino acids regions, 6.042 (46.5%) in introns and 112 (0.9%) unidentified regions. Ten SNPs, located in regulatory regions of gene associated with melanogenesis pathway, WNT8B c.-101T>C (rs rs3793772), KIT c.67+12766T>C (rs rs2017472), GNAI1 g.80130766C>T (rs2079162), ADCY3 c.675+9196T>G (rs11900505), PLCB1 g.8908966C>A (rs4295085), PRKCA c.205+407G>A (rs12601850), PRKCA c.288+33994A>G (rs1806448), CALM2 g.47384601A>G (rs11884600), CREB1 c.303+373G>A (rs10932201) e MITF c.938-325A>G (rs7623610), were considered of interest for the study and validated by polymerase chain reaction in real time using TaqMan assays (Applied Biosystems®). All SNPs isolated and combined alter the risk for CM. SNPs ADCY3 c.675+9196T>G and MITF c.938-325A>G deserves highlight. The isolated genotypes ADCY3 TT and MITF AA and TT+GG + AA+AG combined were associated with 4,86, 3,13 and 19,17-fold increased risk for CM. During 60 months of observation, patients with MITF AA genotypes and ADCY3 + MITF TT+AA combined genotypes were associated with poor progression free survival (44,5% versus 68,2%, P= 0,007; 22,2% versus 61,3%, P= 0,006) and lower overall survival (67,7% versus 81,7%, P= 0,009; 44,4% versus 72,5%, P= 0,006) than the patients with others genotypes (Kaplan-Meier estimates). Carriers of the same genotypes had 2,40 and 3,53 more chances of disease progression and 2,85 and 3,84 more chances to evolve to death, respectively (Cox univariate). Our results suggest, for the first time, that SNPs related in melanogenesis pathway may contributed for identify people with high risk for CM and patients with poor prognosis, that need to receive more attention on preventing, early diagnosis or treatment Doutorado Fisiopatologia Médica Doutora em Ciências FAPESP 2012/16617-4, 2012/15880-3 CNPQ 479529/2012-4 FAEPEX 191/14
Databáze: OpenAIRE
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