DNA DAMAGE BINDING PROTEIN2 Shapes the DNA Methylation Landscape

Autor: Mohamed Kassam, Valérie Cognat, Fredy Barneche, Dimitri Heintz, Vincent Colot, Jean Molinier, Pascal Genschik, Amira Kramdi, Ikhlak Ahmed, Stéfanie Graindorge, Catherine Schalk, Marc Bergdoll, Stéphanie Drevensek, Chris Bowler, Nicolas Baumberger
Přispěvatelé: Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL), French Agence Nationale pour la Recherche (ANR) [ANR BLAN07-3_188961, ANR-11-JSV2-003-01], Investissements d'Avenir [ANR-10-LABX-54 MEMO LIFE], [ANR-11-IDEX-0001-02 PSL*], European Project: 257082, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UPR 2357 Institut de Biologie Moléculaire de Plantes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), PSL Research University (PSL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2016
Předmět:
Zdroj: The Plant cell
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2016, 28 (9), pp.2043-2059. ⟨10.1105/tpc.16.00474⟩
The Plant cell, 2016, 28 (9), pp.2043-2059. ⟨10.1105/tpc.16.00474⟩
Plant Cell
Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2016, 28 (9), pp.2043-2059. ⟨10.1105/tpc.16.00474⟩
ISSN: 1040-4651
1532-298X
Popis: In eukaryotes, DNA repair pathways help to maintain genome integrity and epigenomic patterns. However, the factors at the nexus of DNA repair and chromatin modification/remodeling remain poorly characterized. Here, we uncover a previously unrecognized interplay between the DNA repair factor DNA DAMAGE BINDING PROTEIN2 (DDB2) and the DNA methylation machinery in Arabidopsis thaliana. Loss-of-function mutation in DDB2 leads to genome-wide DNA methylation alterations. Genetic and biochemical evidence indicate that at many repeat loci, DDB2 influences de novo DNA methylation by interacting with ARGONAUTE4 and by controlling the local abundance of 24-nucleotide short interfering RNAs (siRNAs). We also show that DDB2 regulates active DNA demethylation mediated by REPRESSOR OF SILENCING1 and DEMETER LIKE3. Together, these findings reveal a role for the DNA repair factor DDB2 in shaping the Arabidopsis DNA methylation landscape in the absence of applied genotoxic stress.
Databáze: OpenAIRE
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