Towards meaningful quantification of glomalin-related soil protein (GRSP) taking account of interference in the Coomassie Blue (Bradford) assay

Autor: Siobhan Staunton, Lur Moragues-Saitua, Alexia Stokes, Luis Merino-Martín
Přispěvatelé: Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario [Derio] (NEIKER), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), European Project: 626666,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2013-IEF,FIXSOIL(2014), NEIKER-Tecnalia, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2019
Předmět:
Calibration curve
Soil Science
Humic substances
010501 environmental sciences
[SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics
Phylogenetics and taxonomy
01 natural sciences
Absorbance
[SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology
environment/Ecosystems
Bradford protein assay
0105 earth and related environmental sciences
2. Zero hunger
Chromatography
biology
Chemistry
Soil organic matter
04 agricultural and veterinary sciences
Protein quantification
15. Life on land
[SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics
6. Clean water
Dilution
Glomalin
Controlled sample dilution
Standard addition
Soil water
040103 agronomy & agriculture
biology.protein
0401 agriculture
forestry
and fisheries
Total GRSP
Easily extractable GRSP
[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Zdroj: European Journal of Soil Science
European Journal of Soil Science, 2019, 70 (4), pp.727-735. ⟨10.1111/ejss.12698⟩
European Journal of Soil Science, Wiley, 2019, 70 (4), pp.727-735. ⟨10.1111/ejss.12698⟩
ISSN: 1351-0754
1365-2389
DOI: 10.1111/ejss.12698⟩
Popis: Glomalin‐related soil protein (GRSP), an operationally defined fraction of soil organic matter containing protein and various other components, is usually quantified using the colorimetric nonspecific Bradford method. This method is limited by a short working range, a nonlinear response and interference from co‐extracted compounds. These limitations hinder the exact quantification of the protein component. The aim of this study was to investigate the source of interference in the Bradford quantification of GRSP and propose several methodological improvements based on identified interferences. The easily extractable and total GRSP in five topsoils with contrasting texture, organic carbon content and land use were compared. Results showed that: (a) the extent of interference varied between different soils, (b) the standard addition method overestimated the extent of inhibition, (c) absorbance should be corrected for colour, (d) use of the ratio of absorbances at 595 and 465 nm, A₅₉₅/A₄₆₅, is not recommended because it is sensitive to pH and dilution‐dependent absorbance at 465 nm, (e) although a quadratic fit to the protein calibration curve was better than the linear fit, it was not possible for the dilution method, and (f) estimation of protein content from the dilution curve of the soil extract appeared to be suitable as it integrates the often observed, and hitherto unexplained, effect of dilution on the calculated protein content of soil extracts and avoids artefacts because of the choice of protein spike and dilution. HIGHLIGHTS: Soil protein colorimetric quantification is hampered by co‐extracted compounds. Variants of Bradford assay of glomalin‐related soil protein are tested for five contrasting soils. Direct assay underestimates soil protein, but standard addition may overestimate. Controlled sample dilution with colour correction might give the best estimate of soil protein.
Databáze: OpenAIRE
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