From real MRA to virtual MRA: Towards an open-source framework

Autor: Benoît Naegel, Maya Delbany, Stéphanie Salmon, Olivia Miraucourt, Alexandre Ancel, Alexandre Fortin, Nicolas Passat, Alice Dufour, Sidy Fall, Anna Jezierska, Jean-Paul Armspach, Vincent Chabannes, Ranine Tarabay, Joseph Baruthio, Marcela Szopos, Olivier Génevaux, Olivier Balédent, Marc Thiriet, Gwenaël Pagé, Odyssée Merveille, P. Loureiro de Sousa, Mourad E. H. Ismail, Hugues Talbot, Laurent Najman, Simon Garnotel, Emmanuel Durand, Christophe Prud'Homme, Julien Jomier
Přispěvatelé: Merveille, Odyssée, Modèles Numériques - Simulation d'angiographies virtuelles à partir de modèles vasculaires 3D et 3D+t - - VIVABRAIN2012 - ANR-12-MONU-0010 - MN - VALID, Centre de Recherche en Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication - EA 3804 (CRESTIC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Laboratoire de Mathématiques de Reims (LMR), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche Mathématique Avancée (IRMA), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHirurgie, IMagerie et REgénération tissulaire de l’extrémité céphalique - Caractérisation morphologique et fonctionnelle - UR UPJV 7516 (CHIMERE), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Equations aux Dérivées Partielles (EDP ), Laboratoire Jean Kuntzmann (LJK ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Ingénierie des Ressources Médiatiques pour l'Apprentissage (IRMA), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Interdisciplinaire de Physique [Saint Martin d’Hères] (LIPhy), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire Jacques-Louis Lions (LJLL), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Kitware SAS, ANR-12-MONU-0010,VIVABRAIN,Simulation d'angiographies virtuelles à partir de modèles vasculaires 3D et 3D+t(2012), Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Bézout-ESIEE Paris-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2016
Předmět:
Computer science
ComputingMethodologies_IMAGEPROCESSINGANDCOMPUTERVISION
[INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging
Image processing
Magnetic resonance angiography
030218 nuclear medicine & medical imaging
Domain (software engineering)
03 medical and health sciences
0302 clinical medicine
Medical imaging
medicine
[INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging
Computer vision
Polygon mesh
Ground truth
medicine.diagnostic_test
business.industry
Blood flow
[MATH.MATH-NA] Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA]
Pipeline (software)
[INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
[INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV]
[INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV]
Artificial intelligence
[INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
business
030217 neurology & neurosurgery
[MATH.MATH-NA]Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA]
Zdroj: Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI)
Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI), 2016, Athène, France. pp.335-343, ⟨10.1007/978-3-319-46726-9_39⟩
Lecture Notes in Computer Science ISBN: 9783319467252
MICCAI (3)
DOI: 10.1007/978-3-319-46726-9_39⟩
Popis: International audience; Angiographic imaging is a crucial domain of medical imaging. In particular , Magnetic Resonance Angiography (MRA) is used for both clinical and research purposes. This article presents the first framework geared toward the design of virtual MRA images from real MRA images. It relies on a pipeline that involves image processing, vascular modeling, computational fluid dynamics and MR image simulation, with several purposes. It aims to provide to the whole scientific community (1) software tools for MRA analysis and blood flow simulation ; and (2) data (computational meshes, virtual MRAs with associated ground truth), in an open-source / open-data paradigm. Beyond these purposes, it constitutes a versatile tool for progressing in the understanding of vascular networks, especially in the brain, and the associated imaging technologies.
Databáze: OpenAIRE
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