Evidence for a duplicated mitochondrial region in Audubon’s shearwater based on MinION sequencing
| Autor: | Vincent Bretagnolle, Lucas Torres, R. Terry Chesser, Catherine Zanchetta, Cécile Donnadieu, Andreanna J. Welch, Eric Pante, Maxime Manno |
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| Přispěvatelé: | Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Biosciences [Durham, UK], Durham University, Centre INRA de Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Smithsonian Institution, LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR) |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2018 |
| Předmět: |
0106 biological sciences
0301 basic medicine Mitochondrial DNA DNA Copy Number Variations Puffinus cytochrome-b Heteroplasmy DNA Mitochondrial Polymorphism Single Nucleotide 010603 evolutionary biology 01 natural sciences Shearwater Avian Proteins Birds 03 medical and health sciences RNA Transfer Phylogenetics Gene Duplication Genetics Animals long-range PCR Molecular Biology biology Cytochrome b Cytochromes b control region biology.organism_classification cytb tandem repeats 030104 developmental biology Procellariiformes Evolutionary biology Minion [SDE]Environmental Sciences |
| Zdroj: | Mitochondrial DNA Part A Mitochondrial DNA Part A, Taylor and Francis, 2018, 30 (2), pp.256-263. ⟨10.1080/24701394.2018.1484116⟩ Mitochondrial DNA Part A, Taylor and Francis, 2019, 30 (2), pp.256-263. ⟨10.1080/24701394.2018.1484116⟩ Mitochondrial DNA part A, 2019, Vol.30(2), pp.256-263 [Peer Reviewed Journal] |
| ISSN: | 2470-1394 2470-1408 |
| DOI: | 10.1080/24701394.2018.1484116⟩ |
| Popis: | International audience; Mitochondrial genetic markers have been extensively used to study the phylogenetics and phylogeography of many birds, including seabirds of the order Procellariiformes. Evidence suggests that part of the mitochondrial genome of Procellariiformes, especially albatrosses, is duplicated, but no DNA fragment covering the entire duplication has been sequenced. We sequenced the complete mitochondrial genome of a non-albatross species of Procellariiformes, Puffinus lherminieri (Audubon’s shearwater) using the long-read MinION (ONT) technology. Two mitogenomes were assembled from the same individual, differing by 52 SNPs and in length. The shorter was 19 kb long while the longer was 21 kb, due to the presence of two identical copies of nad6, three tRNA, and two dissimilar copies of the control region (CR). Contrary to albatrosses, cob was not duplicated. We further detected a complex repeated region of undetermined length between the CR and 12S. Long-read sequencing suggests heteroplasmy and a novel arrangement within the duplicated region, indicating a complex evolution of the mitogenome in Procellariiformes. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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