New developments in the InterPro database
| Autor: | David Lonsdale, Rodrigo Lopez, Rolf Apweiler, Richard R. Copley, Emmanuel Courcelle, Robert Petryszak, Alberto Labarga, Alex Bateman, Jennifer McDowall, Anastasia N. Nikolskaya, Christine A. Orengo, Nicolas Hulo, Martin Madera, Franck Valentin, Daniel H. Haft, Robert D. Finn, David Binns, Petra S. Langendijk-Genevaux, Ujjwal Das, Nicola Mulder, Louise C. Daugherty, Anish Kejariwal, Julian Gough, Virginie Buillard, Wolfgang Fleischmann, Amos Marc Bairoch, Daniel Kahn, Mark Dibley, Peer Bork, Craig McAnulla, Teresa K. Attwood, Cathy H. Wu, Lorenzo Cerutti, Alexander Kanapin, Christian J. A. Sigrist, John Maslen, Corin Yeats, Sarah Hunter, Paul Thomas, Ivica Letunic, Derek Wilson, Jaina Mistry, Sandra Orchard, Alex L. Mitchell, Jeremy D. Selengut |
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| Přispěvatelé: | Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) |
| Rok vydání: | 2007 |
| Předmět: |
InterPro
Protein Structure [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT] Web server computer.internet_protocol Biology PROSITE computer.software_genre Databases User-Computer Interface 03 medical and health sciences 0302 clinical medicine Sequence Analysis Protein TIGRFAMs Genetics ddc:576 Databases Protein 030304 developmental biology Internet 0303 health sciences Database Protein Proteins Articles Protein Structure Tertiary Systems Integration Cardiovascular and Metabolic Diseases [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR] 030220 oncology & carcinogenesis Proteins/chemistry/classification/physiology Web service UniProt Sequence Analysis computer Tertiary XML Autre (Sciences du Vivant) InterProScan |
| Zdroj: | Nucleic Acids Research Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2007, 35 (Database issue), pp.D224-D228. ⟨10.1093/nar/gkl841⟩ Nucleic Acids Research, 2007, 35 (Database issue), pp.D224-D228. ⟨10.1093/nar/gkl841⟩ Nucleic Acids Research Database issue (35), D224-D228. (2007) Nucleic Acids Research, Vol. 35, No Database issue (2007) pp. D224-228 |
| ISSN: | 1362-4962 0305-1048 |
| DOI: | 10.1093/nar/gkl841 |
| Popis: | InterPro is an integrated resource for protein families, domains and functional sites, which integrates the following protein signature databases: PROSITE, PRINTS, ProDom, Pfam, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, Gene3D and PANTHER. The latter two new member databases have been integrated since the last publication in this journal. There have been several new developments in InterPro, including an additional reading field, new database links, extensions to the web interface and additional match XML files. InterPro has always provided matches to UniProtKB proteins on the website and in the match XML file on the FTP site. Additional matches to proteins in UniParc (UniProt archive) are now available for download in the new match XML files only. The latest InterPro release (13.0) contains more than 13 000 entries, covering over 78% of all proteins in UniProtKB. The database is available for text- and sequence-based searches via a webserver (http://www.ebi.ac.uk/interpro), and for download by anonymous FTP (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro). The InterProScan search tool is now also available via a web service at http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/WSInterProScan.html. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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