Klinik Örneklerden İzole Edilen Aspergillus Türlerinin Tanımlanmasında Geleneksel Yöntemler, MALDI-TOF MS ve Dizi Analizi Yöntemlerinin Karşılaştırılması

Autor: Esma Akkoyun Bilgi, Nuri Kiraz
Jazyk: turečtina
Rok vydání: 2019
Předmět:
Zdroj: Dicle Medical Journal, Vol 46, Iss 3, Pp 543-551 (2019)
Volume: 46, Issue: 3 543-551
Dicle Tıp Dergisi
ISSN: 1300-2945
1308-9889
Popis: Amaç: Aspergillus tu?ru? mantar enfeksiyonları immu?n sistemi baskılanmış hastalarda, yu?ksek mortalite ve morbidite ilesonuçlanan invazif hastalıklara yol açmaktadır. Bu nedenle hızlı ve dog?ru tanı konularak uygun antifungal tedavibaşlanması invazif aspergillozlu hastalar için hayati o?neme sahiptir. Gu?nu?mu?zde daha hızlı, kolay uygulanabilir, yu?ksekduyarlılık ve o?zgu?llu?g?e sahip yeni tanı yo?ntemleri tercih edilmektedir. Bu çalışmada çeşitli klinik o?rneklerden izoleedilen Aspergillus tu?rlerinin; geleneksel yo?ntemler, MALDI-TOF MS sistemi ve DNA dizi analizi yo?ntemi kullanılaraktanımlanması ve bu yo?ntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.Yo?ntemler: Bu çalışmada çeşitli klinik o?rneklerden izole edilen toplam 50 Aspergillus izolatı çalışmaya dahil edildi.Aspergillus suşlarından 2 tanesi kontaminasyondan dolayı çalışma dışı bırakıldı.Bulgular: Çalışmamızda referans tanımlama yo?ntemi olarak kullandıg?ımız ITS bo?lgesinin dizi analiziyle, suşların 25tanesi A.fumigatus tu?r kompleksi (%52,08), 17’si A.flavus tu?r kompleksi (%35,42), 3’u?A.niger tu?r kompleksi (%6,25),2’si A.terreus tu?r kompleksi (%4,17), 1’i A.sydowii tu?r kompleksi (%2,08) olarak tanımlandı. Altın standart yo?ntemindizi analizi olduğu ve geleneksel yöntem ile karşılaştırıldığında %97,9 uyum olduğu gözlendi. İki farklı yazılımkullandığımız MALDI-TOF MS sisteminde ise güncel IVD (invitro diagnostik) VITEK MS V.2.0 yazılımı ile doğrutanımlanan köken 37(%77,1) iken SARAMIS 4.12 RUO yazılımı ile doğru tanımlanan köken 42(%87,5) olarakbulundu.Sonuç: Moleküler yöntemler, geleneksel yöntemlerin yetersiz kaldığı ve tür tanımının yapılamadığı durumlardatamamlayıcı yöntem olarak kullanılabilir. Zaman açısından değerlendirildiğinde MALDI-TOF yöntemi hızlı ve duyarlıbir yöntem olmasına rağmen veri tabanının geliştirilmesi amacıyla suş sayısının arttırılarak bu tür çalışmalarıntekrarlanması gerekir. Objective: Fungal infections associated with Aspergillus species cause invasive diseases leading high mortality and morbidity as a result of deficiency of primary defence systems in immunosuppressive patients. Therefore, starting appropriate antifungal treatment after rapid and accurate diagnosis is critically important for invasive aspergillosis patients. Nowadays, more rapid, easily applicable, having high sensitivity and specifity new diagnostic methods are required. In this study, identification of Aspergillus spp. isolated from various clinical samples by using conventional methods, MALDI-TOF MS system and DNA sequence analysis and comparison of the methods are aimed. Methods: Totally 50 Aspergillus strains were included in this study. Two isolates were excluded from the study due to contamination. Results: 25 strains were identified as A.fumigatus species complex (52.08%), 17 strains were identified as A.flavus species complex (35.42%), 3 strains were identified as A.niger species complex (6.25%), 2 strains were A.terreus species complex (4.17%) and 1 strain was A.sydowii species complex (2.08%) byITS sequence analysis method used as reference diagnostic method in this study. The sequence analysis wasthe gold standard method and it was observed that there was 97.9% compliance compared to the conventional method. Two different software programmes were used for MALDI-TOF MS system. 37 strains (77.1%) were accurately defined by current IVD (in vitro diagnostic) VITEK MS V.2.0 whereas 42 strains (87.5%) were accurately defined by SARAMIS 4.12 RUO software programme. Conclusions: Molecular methos are thought to be appropriate to be used as complementary method when conventional methods are insufficient for identification at the species level. Although MALDI-TOF MS method is rapid and sensitive method when evaluated in terms of time, it is concluded that such studies should be repeated with more strains to develop database.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: