Early diagnosis and monitoring of mucormycosis by detection of circulating DNA in serum: retrospective analysis of 44 cases collected through the French Surveillance Network of Invasive Fungal Infections (RESSIF)

Autor: L. Millon, R. Herbrecht, F. Grenouillet, F. Morio, A. Alanio, V. Letscher-Bru, S. Cassaing, T. Chouaki, C. Kauffmann-Lacroix, P. Poirier, D. Toubas, O. Augereau, S. Rocchi, D. Garcia-Hermoso, S. Bretagne, H. Dupont, J.P. Marolleau, A. Totet, C. Damiani, A. Berceanu, F. Larosa, J. Bonhomme, C. Chabrot, B. Bouteille, D. Boutoille, T. Gastinne, P. Peterlin, M. Gari Toussaint, D. Poisson, D. Briet, J. Buret, M. Legrand, B. Denis, E. Raffoux, A. Bergeron, A. Veinstein, C. Godet, Y. N'guyen, S. Diallo, M. Sabou, J. Denis, M.P. Ledoux, C. Recher, J. Ruiz, G. Desoubeaux, E. Bailly, E. Chachaty, F. Dromer, O. Lortholary, K. Sitbon, D. Hoinard
Přispěvatelé: Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service d’Oncologie et d’Hématologie, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France, IICiMed - EA 1155, Université de Nantes (UN)-UFR Sciences et Techniques [Université de Nantes], Université de Nantes (UN)-UFR des Sciences Pharmaceutiques [Université de Nantes], Université de Nantes (UN), Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA), Institut Pasteur [Paris], Mycologie moléculaire, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Saint Louis [APHP], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Service de Parasitologie-Mycologie [Toulouse], Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHR), Immunologie cellulaire et moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de parasitologie et de mycologie médicales, Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Istituto di Fisica dello Spazio Interplanetario (INAF), Consiglio Nazionale delle Ricerche [Roma] (CNR), Service d'hématologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Hôpital Jean Minjoz, CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hématologie Clinique [CHU Hôtel-Dieu, Nantes], Hôtel-Dieu de Nantes, Service d'Hématologie Clinique [Nantes] (Unité d'Investigation Clinique), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Association de dépistage des cancers, Mutualité française, Pathologie et virologie moléculaire (PVM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de pneumologie [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Laboratoire de physique des interfaces et des couches minces [Palaiseau] (LPICM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Centre d'Etudes et d'Expertise sur les Risques, l'Environnement, la Mobilité et l'Aménagement - Direction Méditerranée (Cerema Direction Méditerranée), Centre d'Etudes et d'Expertise sur les Risques, l'Environnement, la Mobilité et l'Aménagement (Cerema), UMR1037, Cancer Research Center of Toulouse, Université de Tours, Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), service de parasito-mycologie CHU Besancon, service de parasitologie mycologie CHU Jean Minjoz BESANCON, Hôpital Jean Minjoz-Hôpital Jean Minjoz, Université de Nantes ( UN ) - UFR Sciences et Techniques-UFR des Sciences Pharmaceutiques, Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de Référence des Mycoses invasives et antifongiques - Mycologie moléculaire ( CNRMA ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Institut de Parasitologie et de Pathologie Tropicale, Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), CHU Amiens-Picardie, CHU de Poitiers, CHU Gabriel Montpied ( CHU ), CHU Clermont-Ferrand, Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 ( MEDyC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ) -Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Centre Hospitalier Universitaire de Reims ( CHU de Reims ), Centre Hospitalier Régional d'Orléans ( CHR ), This work was supported by a grant from French Ministry of Health (Projet Hospitalier de Recherche Clinique, national-ModiMucor 2014-A00580-47). LM has received support for travel to meetings from Pfizer, MSD and Gilead. RH received honorariafrom Astellas, Basilea, Gilead, MSD, Pfizer and Schering-Plough and a research grant from Pfizer. SB received project funding from Renishaw Diagnostics, was sponsored by Pfizer and MSD to attend international meetings, and provided consultancy for Gilead., French Mycosis Study Group, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Cibles et Médicaments des Infections et de l'Immunité (IICiMed), Université de Nantes - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence des Mycoses invasives et antifongiques - Mycologie moléculaire (CNRMA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Cibles et médicaments de l'infection, de l'immunité et du cancer (IICiMed), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), CHU Gabriel Montpied (CHU)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2016
Předmět:
0301 basic medicine
Male
Pathology
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Comorbidity
Quantitative PCR
0302 clinical medicine
[SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases
Diagnosis
Sampling (medicine)
030212 general & internal medicine
DNA
Fungal
Fungemia
[SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
[ SDV.MP.MYC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Aged
80 and over
biology
General Medicine
Middle Aged
3. Good health
[ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases
Infectious Diseases
Real-time polymerase chain reaction
Population Surveillance
Mucorales
Female
France
Microbiology (medical)
medicine.medical_specialty
030106 microbiology
[SDV.MP.PRO]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Protistology
03 medical and health sciences
Internal medicine
medicine
Humans
Mucormycosis
Survival rate
Survival analysis
Aged
Retrospective Studies
[ SDV ] Life Sciences [q-bio]
Retrospective cohort study
medicine.disease
biology.organism_classification
Survival Analysis
[SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology
monitoring
[SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Zdroj: Clinical Microbiology and Infection
Clinical Microbiology and Infection, Elsevier for the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2016, 22 (9), pp.810.e1-810.e8. ⟨10.1016/j.cmi.2015.12.006⟩
Clinical Microbiology and Infection, Wiley, 2016, 22 (9), pp.810.e1--810.e8. 〈10.1016/j.cmi.2015.12.006〉
Clinical Microbiology and Infection, 2016, 22 (9), pp.810.e1--810.e8. ⟨10.1016/j.cmi.2015.12.006⟩
Clinical Microbiology and Infection, Elsevier for the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2016, 22 (9), pp.810.e1--810.e8. ⟨10.1016/j.cmi.2015.12.006⟩
ISSN: 1198-743X
1469-0691
DOI: 10.1016/j.cmi.2015.12.006⟩
Popis: International audience; The main objective of this study was to assess the diagnostic performance of a set of three Mucorales quantitative PCR assays in a retrospective multicentre study. Mucormycosis cases were recorded thanks to the French prospective surveillance programme (RESSIF network). The day of sampling of the first histological or mycological positive specimen was defined as day 0 (D0). Detection of circulating DNA was performed on frozen serum samples collected from D-30 to D30, using quantitative PCR assays targeting Rhizomucor, Lichtheimia, Mucor/Rhizopus. Forty-four patients diagnosed with probable (n = 19) or proven (n = 25) mucormycosis were included. Thirty-six of the 44 patients (81%) had at least one PCR-positive serum. The first PCR-positive sample was observed 9 days (range 0-28 days) before diagnosis was made using mycological criteria and at least 2 days (range 0-24 days) before imaging. The identifications provided with the quantitative PCR assays were all concordant with culture and/or PCR-based identification of the causal species. Survival rate at D84 was significantly higher for patients with an initially positive PCR that became negative after treatment initiation than for patients whose PCR remained positive (48% and 4%, respectively; p \textless10(-6)). The median time for complete negativity of PCR was 7 days (range 3-19 days) after initiation of l-AmB treatment. Despite some limitations due to the retrospective design of the study, we showed that Mucorales quantitative PCR could not only confirm the mucormycosis diagnosis when other mycological arguments were present but could also anticipate this diagnosis. Quantification of DNA loads may also be a useful adjunct to treatment monitoring.
Databáze: OpenAIRE
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