The phylogeography of the rodent genus Malacomys suggests multiple Afrotropical Pleistocene lowland forest refugia

Autor: Violaine Nicolas, Jan Kennis, Pionus Katuala, Bertin Akpatou, Julian C. Kerbis Peterhans, Marc Colyn, Eliézer K. N’Goran, Raphaël Cornette, Erik Verheyen, Radim Šumbera, Kouakou Hilaire Bohoussou
Přispěvatelé: Laboratoire de zoologie et biologie animale, Université de Cocody-Abidjan, Université de Cocody-Abidjan, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 (OSUR), Université de Rennes (UR), Field Museum of Natural History [Chicago, USA], Evolutionary Ecology Group, University of Antwerp (UA), University of South Bohemia, Royal Belgian Institute of Natural Sciences (RBINS), Laboratoire de Zoologie et Biologie animale (COCODY - ZOOLOGIE ET BIOLOGIE ANIMALE), Université de Cocody, LEGERA - Université de Kisangani, Université de Kisangani, Centre National de la Recherche Scientifique, Institut National de la Recherche Agronomique, CIV 00070610, PNUD project, California Earthquake Authority, Vlaamse Interuniversitaire Raad, 2006, Conservation International, Action Transversale du Muséum: Taxonomie moléculaire, DNA Barcode & gestion durable des collections, ‘Service de Systématique Moléculaire’ of the MNHN, MNHN, EU-DGVIII Ecofac programme, WWF Gabon, ANR-Biodiversité IFORA, Project Ebola - Forêt de Taï (Ivory Coast), OMS Abidjan, PGRR-GFA Terra Systems (Ziama Forest, Guinea), ICA4-CT2002-10050, EU-INCO-DEV, LSHG-CT-2004-511960, VIZIER project, P506-10-0983, The GAČR, Directorat General de développement du gouvernement belge, Centre for Tropical Research (CTR), ANR-06-BDIV-0014,IFORA,Les îles forestières africaines : modèles d'une nouvelle approche de la dynamique de structuration de la biodiversité(2006), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes 1 (UR1)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2015
Předmět:
Zdroj: Journal of biogeography
Journal of Biogeography
Journal of Biogeography, 2015, 42 (11), pp.2049-2061. ⟨10.1111/jbi.12570⟩
Journal of Biogeography, Wiley, 2015, 42 (11), pp.2049-2061. ⟨10.1111/jbi.12570⟩
ISSN: 0305-0270
1365-2699
DOI: 10.1111/jbi.12570⟩
Popis: International audience; Aim This study aims to reconstruct the evolutionary history of the African rodent genus Malacomys and to identify factors driving diversification within this genus.Location African tropical lowland forest.Methods Analyses were based on sampling representatives from most of the known geographical range of the genus. We assessed genetic structure and historical biogeography using a combination of mitochondrial and nuclear markers. Morphological differences between lineages were analysed using a geometric morphometric approach.Results Three species of Malacomys are recognized within the genus. Two are endemic to West Africa, and one is endemic to Central Africa. Our analyses reveal a strong phylogeographical structure with 13 lineages, most of them allopatric or parapatric. A complex biogeographical history, including dispersal–vicariance events, explains the current genetic structure of Malacomys. Discrete divergence events within the genus are dated to the mid-Pliocene (3.7 Ma, 95% range: 2.4–5.2 Ma) and the Pleistocene (less than 1.9 Ma, with most events less than 1 Ma). Morphological variation is partly congruent with genetic structure and may indicate local adaptations.Main conclusions Climatic oscillations, which led to periodic fragmentation of the forest habitat, seem to be the major driver of diversification within this genus. Our results support the existence of multiple small, rather than a few large, forest refugia during glacial maxima. Rivers have played a significant role in shaping boundaries of several regional haplogroups, either by promoting diversification or by preventing secondary contact between previously isolated lineages.
Databáze: OpenAIRE
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