H2A.Z is dispensable for both basal and activated transcription in post-mitotic mouse muscles

Autor: Kiran Padmanabhan, Ali Hamiche, Stefan Dimitrov, Lorrie Ramos, Christophe Papin, Defne Dalkara, Yann-Gaël Gangloff, Nicolas Lacoste, Isabella Scionti, Laurent Schaeffer, Edwige Belotti, Thomas Simonet
Přispěvatelé: Institut NeuroMyoGène (INMG), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Inflammasome NLRP3 – NLRP3 Inflammasome, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Dokuz Eylül Üniversitesi = Dokuz Eylül University [Izmir] (DEÜ), Hospices Civils de Lyon (HCL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-16-CE12-0013,EpiVarZ,Analyses intégratives du variant d'histone H2A.Z au niveau moléculaire, fonctionnel et structural(2016), ANR-18-CE12-0010,ZFun,Fonctions biologiques de l'histone variant H2A.Z(2018), ANR-17-CE11-0019,Chrom3D,Le rôle de l'histone H1 et de CENP-C dans la structure et les propriétés épigénétiques de la chromatine(2017), GANGLOFF, Yann-Gaël, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2020
Předmět:
Zdroj: Nucleic Acids Research
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2020, 48, pp.4601-4613. ⟨10.1093/nar/gkaa157⟩
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2020, 48 (9), pp.4601-4613. ⟨10.1093/nar/gkaa157⟩
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (9), pp.4601-4613. ⟨10.1093/nar/gkaa157⟩
ISSN: 0305-1048
1362-4962
DOI: 10.1093/nar/gkaa157⟩
Popis: While the histone variant H2A.Z is known to be required for mitosis, it is also enriched in nucleosomes surrounding the transcription start site of active promoters, implicating H2A.Z in transcription. However, evidence obtained so far mainly rely on correlational data generated in actively dividing cells. We have exploited a paradigm in which transcription is uncoupled from the cell cycle by developing an in vivo system to inactivate H2A.Z in terminally differentiated post-mitotic muscle cells. ChIP-seq, RNA-seq and ATAC-seq experiments performed on H2A.Z KO post-mitotic muscle cells show that this histone variant is neither required to maintain nor to activate transcription. Altogether, this study provides in vivo evidence that in the absence of mitosis H2A.Z is dispensable for transcription and that the enrichment of H2A.Z on active promoters is a marker but not an active driver of transcription.
Databáze: OpenAIRE
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