Deterministic models to decipher the lag phase duration during diauxie

Autor: Dupeuble, Florian, Rapaport, Alain, Guilmeau, Thomas, Tchouanti, Josué, Enjalbert, Brice, Bideaux, Carine, Steyer, Jean-Philippe, Feddaoui, Aida, Harmand, Jérome
Přispěvatelé: Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement [Narbonne] (LBE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Département de Mathématiques Appliquées de l'École polytechnique (X-DEP-MATHAPP), École polytechnique (X), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), 3BCAR Carnot (project HME), ANR-19-CE43-0004,JANUS,Contrôle et Optimisation des Transitions Métaboliques(2019)
Rok vydání: 2022
Předmět:
Zdroj: IFAC-Paper
ISSN: 2405-8963
DOI: 10.1016/j.ifacol.2022.09.141
Popis: International audience; The deterministic model developed by Graham et al. [2020], which is the approximation in large population of a stochastic model, allowed the authors to propose a 'macroscopic description' of metabolic heterogeneity of Escherichia coli growing on glucose and xylose. However, these models did not include any mechanistic model to explain the variations of the duration of the 'lag-phase' observed when the glucose is exhausted and before the xylose is being consumed. Here, we propose a deterministic mechanistic model to explain how E. coli switches its consumption of a sugar to another one depending on the dynamic of intracellular XylR molecules. The model is developed and investigated numerically. It reveals some important observability issues.
Databáze: OpenAIRE