Major histocompatibility complex haplotype diversity in Arab horses from Argentina
| Autor: | María Eugenia Zappa, M.H. Carino, Silvina Díaz, P. Peral García, E. E. Villegas Castagnasso, Sebastian Andres Sadaba, C. M. Corbi Botto |
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| Jazyk: | Spanish; Castilian |
| Rok vydání: | 2017 |
| Předmět: |
Population
Human leukocyte antigen Biology Major histocompatibility complex equino complejo principal de histocompatibilidad Complejo Mayor de Histocompatibilidad COMPLEJO MAYOR DE HISTOCOMPATIBILIDAD Typing education lcsh:SF1-1100 Genetic diversity education.field_of_study EQUINOS ARABES lcsh:Veterinary medicine HAPLOTIPOS Ciencias Veterinarias Haplotype General Medicine equinos Árabes genomic DNA CIENCIAS AGRÍCOLAS Evolutionary biology biology.protein lcsh:SF600-1100 Microsatellite Haplotipos lcsh:Animal culture purl.org/becyt/ford/4.3 [https] purl.org/becyt/ford/4 [https] |
| Zdroj: | CONICET Digital (CONICET) Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas instacron:CONICET Analecta Veterinaria, Vol 37, Iss 1 (2017) SEDICI (UNLP) Universidad Nacional de La Plata instacron:UNLP |
| Popis: | La diversidad de los genes del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) es clave en su función en la presentación de antígenos en el sistema inmune. La tipificación indirecta basada en microsatélites (STR) del MHC aporta información de la variabilidad genética y de la estructura poblacional y es una estrategia para conocer procesos selectivos y evolutivos. Con el fin de caracterizar una población de caballos de raza Árabe, se identificaron los haplotipos del MHC sobre la base de tres microsatélites (UM011, DRB2-STR2 y COR112) abarcando una región de ~1Mpb. El ADN genómico se extrajo de sangre y pelo de 30 caballos de cinco haras de la provincia de Buenos Aires y los STRs se amplificaron con cebadores fluorescentes para tipificar en secuenciador automático. Se estimaron parámetros poblacionales y de diversidad y la detección de haplotipos se realizó mediante análisis de segregación y con el programa de reconstrucción de haplotipos PHASE. Se reconocieron 24 haplotipos; entre ellos, 12 se verificaron por segregación en los registros de pedigree del Stud Book. Los resultados obtenidos demostraron la existencia de ligamiento con alelos conocidos de genes de clase II del equine leukocyte antigen (ELA) y la cantidad de haplotipos identificada permitió expandir la valoración de la diversidad del MHC equino. Esta metodología constituye una herramienta de utilidad y un método alternativo para la tipificación del MHC en linajes de caballos y en estudios poblacionales relacionados con la inmunidad. Genetic diversity of the major histocompatibility complex (MHC) is essential for the antigen recognition and presentation during the immune response. Indirect MHC typing by microsatellites (STR) provides data on genetic diversity and population structure, and provides knowledge of selective and evolutionary processes. In order to characterize a sample of Arab horses, we identified MHC haplotypes based on three STRs (UM011, DRB2-STR2 and COR112) covering a region of ~1Mpb. Genomic DNA was extracted from blood and hair of 30 horses from five farms of the province of Buenos Aires. STRs were amplified with fluorescent primers and typed in an automated sequencer. Population and diversity parameters were estimated. Haplotype detection was performed by segregation analysis and with the PHASE program for reconstructing haplotypes. Of the 24 haplotypes identified, 12 were verified by segregation in the Stud Book pedigree records. Our results showed linkage with known equine leukocyte antigen (ELA) class II alleles. The number of haplotypes identified allowed to expand the estimates of diversity in the equine MHC. This methodology is a useful tool and an alternative approach to type MHC in horse lineages and immune-related population studies. Facultad de Ciencias Veterinarias |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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