Optimised management of genetic variability in selected pig populations: the example of the French Landrace collective population

Autor: T. Tribout, J.-J. Colleau
Přispěvatelé: Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Rok vydání: 2006
Předmět:
Zdroj: Productions animales
Productions animales, Institut National de la Recherche Agronomique, 2006, 19 (5), pp.339-346
Productions Animales 5 (19), 339-346. (2006)
ISSN: 2273-7766
2273-774X
0990-0632
1152-5428
DOI: 10.20870/productions-animales.2006.19.5.3500
Popis: Il est possible de modérer l’accroissement des coefficients de parenté et de consanguinité dans les populations sélectionnées en calculant les taux optimaux d’utilisation des reproducteurs, compte tenu de la diversité génétique existante, et en optimisant ensuite les accouplements. Les potentialités d’une telle approche ont été testées rétrospectivement sur la population Landrace Français en sélection en comparaison aux saillies réellement effectuées au cours d’une période test de 21 semaines. La contrainte majeure a été la conservation du niveau génétique moyen pour l’objectif global de sélection de la population, pour ne pas pénaliser le progrès génétique à court terme. En optimisant l’utilisation des verrats disponibles durant cette période, il aurait été possible de diminuer les coefficients de parenté et de consanguinité d’environ 20 %. Cette diminution aurait pu être portée à environ 30 % si en plus on avait optimisé le renouvellement et les réformes en considérant la variabilité génétique, toujours avec la même contrainte de niveau génétique inchangé par rapport au réel. A partir des résultats de cette dernière optimisation, il est possible de définir pour chaque individu un index synthétique pénalisé qui combine l’index synthétique actuel et une pénalité proportionnelle à sa parenté moyenne avec le reste de la population. Le coefficient de pondération de la parenté a été trouvé très élevé en dépit de la clause de conservation des niveaux génétiques pour l’index synthétique actuel. Ces résultats montrent l’intérêt qu’il y aurait à fournir à l’avenir, au moment de chaque évaluation génétique, les résultats de ces optimisations effectuées en continu, de manière à promouvoir la préservation de la variabilité génétique par les acteurs de la sélection.
Tempering the increase of coancestry and inbreeding coefficients in selected populations is made possible through calculation of the optimal contributions allowed for breeding animals, given the current situation with regards to genetic diversity, and furthermore, through optimal distribution of matings. The potential of such an approach was tested by retrospective optimisation on the French Landrace po-pulation in reference to the matings actually carried out during a 21-week test period. The major constraint was that the average overall EBV (Estimated Breeding Value) should be the same as the observed one, in order to not damage short-term genetic gain. Optimising breeding allocations to boars would have led one to decrease coancestry and inbreeding coefficients by about 20 %. This decrease would have even climbed to about 30 %, if replacements and disposals had been optimised after accounting for genetic variability while keeping the same constraint of genetic level identical to the observed one. This last optimisation gave the appropriate information for defining a penalized overall EBV for each individual, combining the current EBV and a penalty proportional to this coancestry with the rest of the population. Weight of coancestry was found to be very high, despite the strong requirement of maintaining the same genetic level for the current overall EBV. These results show the potential value, in the future, of completing each periodical calculation of EBV by optimisations considering genetic variability and of releasing the corresponding information to breeders, in order to enhance maintenance of genetic variability.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: