Genetic, haplotype and phylogenetic analysis of Ligula intestinalis by using mt-CO1 gene marker: ecological implications, climate change and eco-genetic diversity

Autor: M. A. Selcuk, F. Celik, S. Simsek, H. Ahmed, H. K. Kesik, S. Gunyakti Kilinc, J. Cao
Rok vydání: 2024
Předmět:
Zdroj: Brazilian Journal of Biology v.84 2024
Brazilian Journal of Biology
Instituto Internacional de Ecologia (IIE)
instacron:IIE
Brazilian Journal of Biology, Volume: 84, Article number: e258626, Published: 10 JUN 2022
ISSN: 1678-4375
1519-6984
DOI: 10.1590/1519-6984.258626
Popis: Ligula intestinalis is a cestode parasite that affects freshwater fish in different countries of the world. The current study aims to reveal the phylogenetic, genetic and haplotype diversity of mt-CO1 gene sequences sent to the NCBI database from different countries by using in-silico analysis. The 105 mt-CO1 (371 bp) gene sequences of L. intestinalis obtained from NCBI were used for bioinformatics analyses. Sequences were subjected to phylogenetic and haplotype analysis. As a result of the haplotype analysis of L. intestinalis, 38 haplotypes were obtained from 13 different countries. Hap24 constituted 44.76% of the obtained haplotype network. Changes in nucleotides between haplotypes occurred at 1-84 different points. China and Turkey have highest fixation index (Fst) values of 0.59761, while the lowest (-0.10526) was found between Russia and Turkey. This study provides a baseline for future studies on extensive scale on the epidemiology, ecological aspects, distribution pattern, transmission dynamics and population dispersion of L. intestinalis worldwide. Resumo Ligula intestinalis é um parasita cestódeo que acomete peixes de água doce em diversos países do mundo. O presente estudo visa revelar a diversidade filogenética, genética e de haplótipos das sequências do gene mt-CO1 enviadas ao banco de dados do NCBI de diferentes países, por meio de análise in-silico. As sequências gênicas de 105 mt-CO1 (371 pb) de L. intestinalis obtidas do NCBI foram utilizadas para análises bioinformáticas. As sequências foram submetidas a análise filogenética e de haplótipos. Como resultado da análise de haplótipos de L. intestinalis, 38 haplótipos foram obtidos de 13 países diferentes. Hap24 constituiu 44,76% da rede de haplótipos obtida. Mudanças nos nucleotídeos entre os haplótipos ocorreram em 1-84 pontos diferentes. A China e a Turquia apresentam os maiores valores do índice de fixação (Fst), 0,59761, enquanto o menor (-0,10526) foi encontrado entre a Rússia e a Turquia. Este estudo fornece uma linha de base para futuros estudos em larga escala sobre epidemiologia, aspectos ecológicos, padrão de distribuição, dinâmica de transmissão e dispersão populacional de L. intestinalis em todo o mundo.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: