Germline mutations in the new E1' cryptic exon of the VHL gene in patients with tumours of von Hippel- Lindau disease spectrum or with paraganglioma

Autor: Caroline Dehais, Bruna Calsina, Anne Paule Gimenez-Roqueplo, Judith Favier, Brigitte Bressac-de Paillerets, Shahida K. Flores, Javier Aller, Stéphane Richard, Philippe Herman, Pauline Romanet, Peter Kamenický, Marion Lenglet, S. Giraud, Anne Barlier, Atanaska Elenkova, Sophie Lejeune, Betty Gardie, Alexandre Buffet, Mercedes Robledo, Elisa Deflorenne, María Calatayud, J.-L. Sadoul, Erwan De Mones Del Pujol, Isabelle Bourdeau, Nelly Burnichon, Patricia L. M. Dahia
Přispěvatelé: Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC (UMR_S 970/ U970)), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Spanish National Cancer Research Center (CNIO), The University of Texas at San Antonio (UTSA), Hospices Civils de Lyon (HCL), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL), unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Hospital Universitario Puerta de Hierro, Centre de Recherche du Centre Hospitalier de l’Université de Montréal (CRCHUM), Centre Hospitalier de l'Université de Montréal (CHUM), Université de Montréal (UdeM)-Université de Montréal (UdeM), Institut Gustave Roussy (IGR), Génétique (Biologie pathologie), Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Hospital Universitario 12 de Octubre [Madrid], Service de Neurologie [CHU Pitié-Salpêtrière], IFR70-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Pellegrin, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Medical University of Sofia [Bulgarie], Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Hôpital Bicêtre, CHU Lille, Service d'endocrinologie [CHU Nice], Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Immunologie intégrative des tumeurs et immunothérapie des cancers (INTIM), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Unité de recherche de l'institut du thorax (ITX-lab), romanet, pauline, École Pratique des Hautes Études (EPHE), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Marseille Maladies Rares (MarMaRa), Aix Marseille Université (AMU), Laboratoire de Biochimie et de Biologie Moléculaire [Hôpital de la Conception - APHM], Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2020
Předmět:
0301 basic medicine
Oncology
Male
von Hippel-Lindau Disease
endocrine system diseases
urologic and male genital diseases
Germline
0302 clinical medicine
Paraganglioma
Genetics (clinical)
Exome sequencing
ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
[SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
medicine.diagnostic_test
High-Throughput Nucleotide Sequencing
Exons
Middle Aged
female genital diseases and pregnancy complications
cryptic exon
3. Good health
Pedigree
Von Hippel-Lindau Tumor Suppressor Protein
030220 oncology & carcinogenesis
Cohort
Female
Adult
medicine.medical_specialty
Pheochromocytoma
03 medical and health sciences
Young Adult
Germline mutation
Internal medicine
Genetics
medicine
Cancer Genetics
Humans
Genetic Predisposition to Disease
Genetic Testing
Von Hippel–Lindau disease
neoplasms
Germ-Line Mutation
Genetic testing
Aged
business.industry
medicine.disease
030104 developmental biology
business
von Hippel-Lindau
[SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Zdroj: Am J Med Genet
Am J Med Genet, 2020, pp.1-8. ⟨10.1136/jmedgenet-2019-106519⟩
Journal of Medical Genetics
Journal of Medical Genetics, 2020, pp.1-8. ⟨10.1136/jmedgenet-2019-106519⟩
ISSN: 0022-2593
1468-6244
DOI: 10.1136/jmedgenet-2019-106519⟩
Popis: BackgroundsThe incidence of germline mutations in the newly discovered cryptic exon (E1’) of VHL gene in patients with von Hippel-Lindau (VHL) disease and in patients with paraganglioma or pheochromocytoma (PPGL) is not currently known.MethodsWe studied a large international multicentre cohort of 1167 patients with a previous negative genetic testing. Germline DNA from 75 patients with a single tumour of the VHL spectrum (‘Single VHL tumour’ cohort), 70 patients with multiple tumours of the VHL spectrum (‘Multiple VHL tumours’ cohort), 76 patients with a VHL disease as described in the literature (‘VHL-like’ cohort) and 946 patients with a PPGL were screened for E1’ genetic variants.ResultsSix different genetic variants in E1' were detected in 12 patients. Two were classified as pathogenic, 3 as variants of unknown significance and 1 as benign. The rs139622356 was found in seven unrelated patients but described in only 16 patients out of the 31 390 of the Genome Aggregation Database (pConclusionsVHL E1’ cryptic exon mutations contribute to 1.32% (1/76) of ‘VHL-like’ cohort and to 0.11% (1/946) of PPGL cohort and should be screened in patients with clinical suspicion of VHL, and added to panels for Next Generation Sequencing (NGS) diagnostic testing of hereditary PPGL. Our data highlight the importance of studying variants identified in deep intronic sequences, which would have been missed by examining only coding sequences of genes/exomes. These variants will likely be more frequently detected and studied with the upcoming implementation of whole-genome sequencing into clinical practice.
Databáze: OpenAIRE
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