The quail genome: insights into social behaviour, seasonal biology and infectious disease response

Autor: Frédérique Pitel, Simon Boitard, Angela Danner, Jacqueline Smith, Thierry Jaffredo, Jerome Gros, Lel Eory, Tsuyoshi Shimmura, Alain Vignal, Katrina M. Morris, Robert G. Webster, J. Patrick Seiler, Rusty Lansford, Chad Tomlinson, Wesley C. Warren, LaDeana W. Hillier, Andrew S. I. Loudon, Andrew S. Mason, Patrick Minx, Heather L. Forrest, Christine Leterrier, David Gourichon, David W. Burt, H Khoury, Matthew Hindle, Takashi Yoshimura, Francis Minvielle, Simone Meddle
Přispěvatelé: Laboratoire de Biologie du Développement (LBD), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Edinburgh, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Southern Queensland (USQ), St Jude Children's Research Hospital, Unité Expérimentale Avicole de Tours (UE PEAT), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Cellules Souches et Développement / Stem Cells and Development, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Washington State University (WSU), Laboratoire de Biologie du Développement [Paris] (LBD), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Southern California (USC), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Manchester [Manchester], Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), The University of Tokyo (UTokyo), Nagoya University, University of Missouri [Columbia] (Mizzou), University of Missouri System, French National Research Agency (ANR) ANR-009-GENM-008 / HFSP 2015 award RGP0030/2015 / United States Department of Health & Human Services National Institutes of Health (NIH) - USA NIH National Institute of Allergy & Infectious Diseases (NIAID) HHSN266200700005C HHSN272201400006C, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie du Développement [IBPS] (LBD), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2020
Předmět:
Candidate gene
Physiology
Plant Science
medicine.disease_cause
Genome
Transcriptome
0302 clinical medicine
Structural Biology
[SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB]
lcsh:QH301-705.5
Life History Traits
ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Genetics
0303 health sciences
biology
bird bu
[SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN]
[SDV.MHEP.HEM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology
H5N1
Quail
[SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies
embryonic structures
Seasons
General Agricultural and Biological Sciences
Autre (Sciences du Vivant)
Biotechnology
Research Article
animal structures
Coturnix japonica
Photoperiod
[SDV.SA.ZOO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Zootechny
[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer
Coturnix
General Biochemistry
Genetics and Molecular Biology
03 medical and health sciences
biology.animal
[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN]
medicine
Animals
Social Behavior
Gene
Ecology
Evolution
Behavior and Systematics
Poultry Diseases
030304 developmental biology
Whole genome sequencing
Cell Biology
Seasonality
biology.organism_classification
Influenza A virus subtype H5N1
Influenza
[SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis
lcsh:Biology (General)
coturnix japonica
quail
genome
influenza
seasonality
photoperiod
Bird flu
030217 neurology & neurosurgery
Developmental Biology
Zdroj: BMC Biology
BMC Biology, BioMed Central, 2020, 18 (1), ⟨10.1186/s12915-020-0743-4⟩
BMC Biology, Vol 18, Iss 1, Pp 1-18 (2020)
Morris, K M, Hindle, M M, Boitard, S, Burt, D W, Danner, A F, Eory, L, Forrest, H L, Gourichon, D, Gros, J, Hillier, L W, Jaffredo, T, Khoury, H, Lansford, R, Leterrier, C, Loudon, A, Mason, A S, Meddle, S L, Minvielle, F, Minx, P, Pitel, F, Seiler, J P, Shimmura, T, Tomlinson, C, Vignal, A, Webster, R G, Yoshimura, T, Warren, W C & Smith, J 2020, ' The quail genome : insights into social behaviour, seasonal biology and infectious disease response ', BMC Biology, vol. 18, no. 1, (2020) 18:14 . https://doi.org/10.1186/s12915-020-0743-4
BMC Biology, BioMed Central, 2020, 18 (1), Non paginé. ⟨10.1186/s12915-020-0743-4⟩
Morris, K M, Hindle, M M, Boitard, S, Burt, D W, Danner, A F, Eory, L, Forrest, H L, Gourichon, D, Gros, J, Hillier, L W, Jaffredo, T, Khoury, H, Lansford, R, Leterrier, C, Loudon, A, Mason, A S, Meddle, S L, Minvielle, F, Minx, P, Pitel, F, Seiler, J P, Shimmura, T, Tomlinson, C, Vignal, A, Webster, R G, Yoshimura, T, Warren, W C & Smith, J 2020, ' The quail genome : insights into social behaviour, seasonal biology and infectious disease response ', BMC Biology, vol. 18, no. 1, pp. 14 . https://doi.org/10.1186/s12915-020-0743-4
BMC Biology, 2020, 18 (1), Non paginé. ⟨10.1186/s12915-020-0743-4⟩
BMC Biology 1 (18), Non paginé. (2020)
ISSN: 1741-7007
Popis: BackgroundThe Japanese quail (Coturnix japonica) is a popular domestic poultry species and an increasingly significant model species in avian developmental, behavioural and disease research.ResultsWe have produced a high-quality quail genome sequence, spanning 0.93 Gb assigned to 33 chromosomes. In terms of contiguity, assembly statistics, gene content and chromosomal organisation, the quail genome shows high similarity to the chicken genome. We demonstrate the utility of this genome through three diverse applications. First, we identify selection signatures and candidate genes associated with social behaviour in the quail genome, an important agricultural and domestication trait. Second, we investigate the effects and interaction of photoperiod and temperature on the transcriptome of the quail medial basal hypothalamus, revealing key mechanisms of photoperiodism. Finally, we investigate the response of quail to H5N1 influenza infection. In quail lung, many critical immune genes and pathways were downregulated after H5N1 infection, and this may be key to the susceptibility of quail to H5N1.ConclusionsWe have produced a high-quality genome of the quail which will facilitate further studies into diverse research questions using the quail as a model avian species.
Databáze: OpenAIRE
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