GeneSpy, a user-friendly and flexible genomic context visualizer
| Autor: | Céline Brochier-Armanet, Frédéric Jauffrit, Christophe Grangeasse, Pierre Simon Garcia |
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| Přispěvatelé: | Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), ANR-16-CE02-0005,Arch-Evol,Approches phylogenomiques pour étudier l'origine et évolution des Archées(2016) |
| Rok vydání: | 2018 |
| Předmět: |
0301 basic medicine
Statistics and Probability Computer science Genomics Context (language use) Biochemistry Genome World Wide Web 03 medical and health sciences User-Computer Interface Databases Genetic Computer Graphics Molecular Biology ComputingMilieux_MISCELLANEOUS computer.programming_language Genomic organization User Friendly 030102 biochemistry & molecular biology Frame (networking) Computational Biology Python (programming language) [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology Mac OS Computer Science Applications Visualization Computational Mathematics 030104 developmental biology Computational Theory and Mathematics [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] computer Software |
| Zdroj: | Bioinformatics Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 35 (2), pp.329-331. ⟨10.1093/bioinformatics/bty459⟩ Bioinformatics, 2019, 35 (2), pp.329-331. ⟨10.1093/bioinformatics/bty459⟩ |
| ISSN: | 1367-4811 1367-4803 |
| DOI: | 10.1093/bioinformatics/bty459⟩ |
| Popis: | Summary The exploration and comparison of genome organization is routinely used in the frame of genomic and phylogenomic analyses. As a consequence, in the past few years, various tools allowing visualizing genomic contexts have been developed. However, their use is often hampered by a lack of flexibility, particularly concerning associated databases input formats and figure customization. Here we present GeneSpy, a graphical user interface that allows the visualization and dynamic exploration of eukaryotic and prokaryotic annotated genomes. GeneSpy relies on user-friendly manageable local databases and allows the easy customization and production of figures in a multitude of formats. Availability and implementation GeneSpy is freely available at https://lbbe.univ-lyon1.fr/GeneSpy/ for Linux, Mac OS and Windows under CeCILL license (http://www.cecill.info/licences/). It is written in Python 2.7 and depends on Matplotlib, Tkinter and Sqlite libraries. Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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