A Comparative Analysis of Perturbations Caused by a Gene Knock-out, a Dominant Negative Allele, and a Set of Peptide Aptamers

Autor: Sandrine Mouradian-Garcia, Isabelle Michaud-Soret, Nadia Abed, Matthieu Schapira, Pierre Colas, Raquel Sanjuan-España, Marc Bickle, Marie-Odile Fauvarque, Olivier Moncorgé, Brian B. Rudkin, Bernard Mari, Karine Robbe Sermesant, Pascal Barbry
Přispěvatelé: Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de biologie et modélisation de la cellule (LBMC UMR 5239), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aptanomics, Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherches en Technologies et Sciences pour le Vivant (IRTSV), Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Transduction du signal : signalisation calcium, phosphorylation et inflammation, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), région Rhône-Alpes, thématique prioritaire santé
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2007
Předmět:
Zdroj: Molecular and Cellular Proteomics
Molecular and Cellular Proteomics, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2007, 6 (12), pp.2110-2121. ⟨10.1074/mcp.M700105-MCP200⟩
Molecular and Cellular Proteomics, 2007, 6 (12), pp.2110-2121. ⟨10.1074/mcp.M700105-MCP200⟩
Molecular and Cellular Proteomics, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2007, 6 (12), pp.2110-21. ⟨10.1074/mcp.M700105-MCP200⟩
ISSN: 1535-9476
1535-9484
Popis: International audience; The study of protein function mostly relies on perturbing regulatory networks by acting upon protein expression levels or using transdominant negative agents. Here we used the Escherichia coli global transcription regulator Fur (ferric uptake regulator) as a case study to compare the perturbations exerted by a gene knockout , the expression of a dominant negative allele of a gene, and the expression of peptide aptamers that bind a gene product. These three perturbations caused phenotypes that differed quantitatively and qualitatively from one another. The Fur peptide aptamers inhibited the activity of their target to various extents and reduced the virulence of a pathogenic E. coli strain in Drosophila. A genome-wide transcriptome analysis revealed that the "penetrance" of a peptide aptamer was comparable to that of a dominant negative allele but lower than the penetrance of the gene knockout. Our work shows that comparative analysis of phenotypic and transcriptome responses to different types of perturbation can help decipher complex regulatory networks that control various biological processes.
Databáze: OpenAIRE
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