Recommendations for good practice in MS-based lipidomics
| Autor: | Michal Holčapek, Kim Ekroos, Nils Hoffmann, Xianlin Han, Gerhard Liebisch, Erin S. Baker, Markus R. Wenk, Robert Ahrends, Harald Köfeler |
|---|---|
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2021 |
| Předmět: |
RT
retention time HILIC hydrophilic interaction liquid chromatography HRMS high-resolution MS spektrometrie iontové mobility Computer science Biochemistry Mass Spectrometry Thematic Review Series: Lipidomics: General ICR ion cyclotron resonance LCF lipid class-specific fragment PC phosphatidylcholine Endocrinology UHPSFC ultrahigh-performance supercritical fluid chromatography ion mobility spectrometry UHPLC ultrahigh-performance liquid chromatography Species identification IS internal standard SRM selected reaction monitoring QTOF quadrupole TOF LSI Lipidomics Standards Initiative TG triglyceride Lipids metabolomics SPE solid phase extraction chromatography chromatografie LPA lysophosphatidic acid lipid identification Research groups TIMS trapped ion mobility spectrometry QqQ triple quadrupole Best practice TWIMS traveling wave ion mobility spectrometry QD415-436 fosfolipidy sfingolipidy lipidomika Lipidomics metabolomika Humans Good practice DTIMS drift tube ion mobility spectrometry phospholipids S1P sphingosine-1-phosphate Protocol (science) sphingolipids identifikace lipidů IMS ion mobility spectrometry Thematic Review Series Cell Biology FAIMS field asymmetric waveform ion mobility spectrometry MS Data science ILS International Lipidomics Society LC-MS Workflow Data quality lipidomics RP reverse-phase |
| Zdroj: | Journal of Lipid Research, Vol 62, Iss, Pp 100138-(2021) Journal of Lipid Research |
| ISSN: | 0022-2275 |
| Popis: | In the last 2 decades, lipidomics has become one of the fastest expanding scientific disciplines in biomedical research. With an increasing number of new research groups to the field, it is even more important to design guidelines for assuring high standards of data quality. The Lipidomics Standards Initiative is a community-based endeavor for the coordination of development of these best practice guidelines in lipidomics and is embedded within the International Lipidomics Society. It is the intention of this review to highlight the most quality-relevant aspects of the lipidomics workflow, including pre- analytics, sample preparation, MS, and lipid species identification and quantitation. Furthermore, this review just does not only highlights examples of best practice but also sheds light on strengths, drawbacks, and pitfalls in the lipidomic analysis workflow. While this review is neither designed to be a step-by-step protocol by itself nor dedicated to a specific application of lipidomics, it should nevertheless provide the interested reader with links and original publications to obtain a comprehensive overview concerning the state-of-the-art practices in the field. V posledních dvou desetiletích se lipidomika stala jednou z nejrychleji se rozšiřujících vědních disciplín v biomedicínském výzkumu. Vzhledem k rostoucímu počtu nových výzkumných skupin v této oblasti je ještě důležitější navrhnout pokyny pro zajištění vysoké kvality údajů. Pro tento účel se snaží lipidomická komunita v rámci Mezinárodní lipidomické společnosti vyvinout doporučení, která splňují nejlepší praktické nároky v lipidomice. Záměrem tohoto přezkumu je poukázat na kvalitativně nejrelevantnější aspekty pracovního lipidomického postupu, včetně preanalytických prací, přípravy vzorku, MS a identifikace a kvantifikace lipidů. Kromě toho tento přehled nejen upozorňuje na příklady osvědčených postupů, ale také osvětluje silné stránky, nevýhody a nástrahy v pracovním postupu lipidomické analýzy. I když tato recenze není sama o sobě koncipována jako postupný protokol, ani se nevěnuje konkrétní aplikaci lipidomiky, měla by přesto zainteresovanému čtenáři poskytnout odkazy a publikace, aby získal komplexní přehled o nejmodernějších postupech v dané oblasti. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
|