Intérêt de l’utilisation de l’imputation pour l’évaluation génomique en poule pondeuse

Autor: Pascale Le Roy, Frédéric Hérault, Amandine Varenne, Sophie Allais, Florian Herry, Thierry Burlot, David Picard Druet
Přispěvatelé: Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Novogen, NOVOGEN, Groupe Grimaud, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Jazyk: francouzština
Rok vydání: 2019
Předmět:
Genetic Markers
layer chicken
Linkage disequilibrium
imputation accuracy
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Single-nucleotide polymorphism
Genetics and Molecular Biology
Best linear unbiased prediction
Biology
Breeding
Polymorphism
Single Nucleotide
Sensitivity and Specificity
genomic selection
Correlation
03 medical and health sciences
Statistics
SNP
Animals
[INFO]Computer Science [cs]
030304 developmental biology
lcsh:SF1-1100
Oligonucleotide Array Sequence Analysis
2. Zero hunger
0303 health sciences
low density panel
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics
Genome
0402 animal and dairy science
04 agricultural and veterinary sciences
General Medicine
Genomics
040201 dairy & animal science
SNP genotyping
[SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics
Trait
genomic evaluation accuracy
Animal Science and Zoology
lcsh:Animal culture
Chickens
Imputation (genetics)
Zdroj: 13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras
13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France
Poultry Science
Poultry Science, Vol 99, Iss 5, Pp 2324-2336 (2020)
13èmes Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras
13èmes Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France
Poultry Science, Poultry Science Association, 2020, 99 (5), pp.2324-2336. ⟨10.1016/j.psj.2020.01.004⟩
ISSN: 0032-5791
DOI: 10.1016/j.psj.2020.01.004⟩
Popis: International audience; With the availability of the 600K Affymetrix® Axiom® high-density (HD) single nucleotide polymorphism (SNP) chip, genomic selection has been implemented in broiler and layer chicken. However, the cost of such HD SNP chip is still too high to genotype all selection candidates. A solution is to develop low density SNP chip, at a lower price, and to impute all missing markers before doing a genomic evaluation. However, the impact of the direct use of low density SNP chip on genomic evaluation accuracy is not well documented.In this perspective, the interest of using or not imputation in genomic selection was studied in a pure layer line. An equidistant methodology was used to design low density SNP chips. Egg weight and egg shell strength were evaluated with ssGBLUP methodology. The impact of imputation errors or the absence of imputation on the ranking of the selection candidates was assessed with a genomic evaluation based on ancestry. To do so, genomicestimated breeding values (GEBV), with imputed or not imputed genotyping from the low density SNP chip, were compared to the GEBV obtained with the HD SNP chip. The accuracy of GEBV was also investigated by considering as reference the GEBV estimated on offspring.With imputed HD genotyping, the ranking was slightly more correlated to that with HD genotyping than that with low density genotyping. However, Spearman correlations were above 0.95 with more than 5K SNPs. Thus the reordering of the breeders was limited. Finally, the GEBV accuracy estimated on ancestry was equivalent with or without imputation for a SNP density superior to 2K. But this accuracy tended to be decreased for some traits withless than 2K SNPs.; La disponibilité en 2013 d’une puce à SNP commerciale haute densité (600 \PDF\2019JRA marqueurs) pour l’espèce poule a permis la mise en place de la sélection génomique dans les filières ponte et chair. Toutefois, le coût de cette puce reste élevé pour génotyper en routine l’ensemble des candidats à la sélection. L’un des enjeux est le développement de puces SNP basse densité (BD) de moindre coût. L’objectif est d’imputer l’ensemble des génotypes manquants pour revenir à une information 600K SNP avant de réaliser l’évaluation génomique. Toutefois, l’impact de l’utilisation directe des génotypages BD sur la précision des évaluations génomiques a été peu décrit.L’objectif est donc de juger de l’intérêt de l’imputation des génotypages BD pour l’évaluation génomique dans une lignée de poule pondeuse. Les puces BD ont été construites selon une méthodologie équidistante. Les évaluations génomiques ont été réalisées sur le poids d’œuf et sur la force de fracture, avec une méthodologie ssGBLUP. L’impact des erreurs d’imputation, ou de l’absence d’imputation, sur le classement des candidats à la sélection lors d’une évaluation génomique sur ascendance a été évalué. Pour cela, les valeurs génomiques obtenues (GEBV), avec les génotypages imputés ou non depuis la puce BD, ont été comparées aux GEBV obtenues avec la puce haute densité (HD). La précision des GEBV a également été étudiée en prenant en référence les GEBV estimées sur descendance.Le classement des candidats à la sélection avec les génotypages BD imputés est plus corrélé avec celui basé sur les génotypages HD que sans imputation. Toutefois, les corrélations sont toutes supérieures à 0.95 pour une densité supérieure à 5K SNP. L’impact de l’imputation sur le classement des individus est donc faible. Par ailleurs, la précision des GEBV estimées sur ascendance est équivalente entre les différentes stratégies (avec ou sans imputation) dans le cas du poids d’œuf pour une densité supérieure à 2K SNP, mais tend à se dégrader pour de très basses densités de SNP dans le cas de la force de fracture. L’utilisation de l’imputation est possible sans diminution significative de la précision des évaluations génomiques par ssGBLUP. L’absence d’imputation est également possible mais la dégradation observée sur la précision des GEBV semble dépendre des caractères.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: