Epitope mapping in porcine parvovirus by spot synthesis and in silico analisis

Autor: Ancelmo Rabelo Souza
Přispěvatelé: Bonafé, Carlos Francisco Sampaio, 1961-2021, Alvarez-Martinez, Cristina Elisa, Martins, Luciano Moura, Gregoracci, Gustavo Bueno, Módena, José Luiz Proença, Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Funcional e Molecular, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
Rok vydání: 2016
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
Popis: Orientador: Carlos Francisco Sampaio Bonafé Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: O parvovirus suíno (PVS) é um agente infeccioso que pode causar doença de falha reprodutiva em fêmeas de suínos no período gestacional, resultando em morte embrionária e fetal, gerando prejuízo na suinocultura em todo o mundo. O mapeamento de epítopos em proteínas imunogênicas do PVS é estrategicamente importante para o desenvolvimento de novas vacinas. No presente estudo, usou-se a técnica de spot synthesis para mapear os epítopos de células B a partir da proteína capsídica (VP1) da cepa vacinal NADL-2 de PVS. Complementando esse estudo, foram feitas análises in silico para correlacionar dados preditivos com os achados in vivo, explorando também a imunoinformática para predição de epítopos de células T baseando-se em SLA (antígeno leucocitário suíno) classe I e II. A cepa NADL-2 foi analisada em diferentes condições: forma nativa, em alta pressão (350 MPa por 1 h) à temperatura ambiente e a -18 °C, e como vacina comercial inativada quimicamente. A alta pressão hidrostática foi usada para testar uma forma alternativa de inativação viral e observar as mudanças nas propriedades antigênicas do PVS. Os suínos foram inoculados via intramuscular e posteriormente desafiados via mucosa nasal. Foram detectados 44 spots positivos correspondendo a 20 sítios antigênicos, sendo que cada condição experimental do antígeno utilizado resultou em diferente perfil antigênico. No entanto, alguns dos epítopos encontrados foram comuns em diferentes inóculos testados. Análises in silico para predição de epítopos lineares e descontínuos de células B foram baseadas em ferramentas do Immune Epitope Database, Center for Biological Sequence Analysis, Institute of Microbial Technology, resultando em pelo menos três regiões de epítopos conformacionais similares àqueles encontrados por spot synthesis. Conjuntamente, os resultados obtidos mostram detalhes a nível molecular dos epítopos do PVS em diferentes apresentações. Esse conhecimento sugere estratégias para o desenvolvimento de novas vacinas e testes diagnósticos, por exemplo, que diferencie animais vacinados daqueles que foram infectados Abstract: The porcine parvovirus is an infectious agent that can cause reproductive failure in female pigs during pregnancy, resulting in embryonic fetal death and losses in pig farming worldwide. The epitope mapping of the immunogenic proteins is strategically important for the development of new vaccines. In the present study, we used the spot synthesis technique to map the B-cell epitopes from the coat protein (VP1) of the vaccine strain NADL-2 PPV. In addition, analyses were performed in silico predictive data to correlate with in vivo findings, exploring also the immunoinformatics to predict T cell epitopes (SLA class I and II). The strain NADL-2 was analyzed under different conditions: native form, in high pressure (300 MPa for 1 h) at room temperature and at -18°C, and as chemically inactivated commercial vaccine. The high hydrostatic pressure was applied to test an alternative form of viral inactivation and observe the changes in the antigenic properties of PPV. The pigs were inoculated intra-muscularly and subsequently challenged route by the nasal mucosa. We detected 44 positive spots corresponding to antigenic sites 20, each experimental condition of antigen used resulted in different antigenic profile. However, some of the epitopes were found common to the various inocula tested. In silico analysis predicted linear epitopes and B cell batch were based on tools of Immune Epitope Database, Center for Biological Sequence Analysis, Institute of Microbial Technology, resulting in at least three regions of conformational epitopes similar to those found by spot synthesis. Collectively, the results obtained which details at the molecular level of PVS epitopes in different presentations. This knowledge suggests strategies for the development of new vaccines and diagnostic tests, for example, to distinguish vaccinated animals from infected ones Doutorado Bioquímica Doutor em Biologia Funcional e Molecular CAPES FAPESP CNPQ
Databáze: OpenAIRE
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