The genetic map comparator: a user-friendly application to display and compare genetic maps
| Autor: | Jacques David, Yan Holtz, Vincent Ranwez |
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| Přispěvatelé: | Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), TRAM project, ARVALIS, Agence Nationale de la Recherche, Ancestrome : ANR-10-BINF-01-02, ANR-10-BINF-0001,ANCESTROME,Approche de phylogénie intégrative pour la reconstruction de génomes ancestraux(2010), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad) |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2017 |
| Předmět: |
0301 basic medicine
Statistics and Probability carte génétique Comparator Computer science Sequence analysis Quantitative Trait Loci Quantitative trait locus Genes Plant Biochemistry 03 medical and health sciences Computer graphics (images) Molecular Biology Gene bioinformatique Selection (genetic algorithm) Triticum Disease Resistance Plant Diseases [INFO.INFO-MS]Computer Science [cs]/Mathematical Software [cs.MS] User Friendly Information retrieval logiciel informatique Genomics Sequence Analysis DNA Computer Science Applications Computational Mathematics 030104 developmental biology Computational Theory and Mathematics Virus Diseases Key (cryptography) computer software genetic mapping [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] Software |
| Zdroj: | Bioinformatics Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 33 (9), pp.1387-1388. ⟨10.1093/bioinformatics/btw816⟩ |
| ISSN: | 1367-4803 1367-4811 1460-2059 |
| DOI: | 10.1093/bioinformatics/btw816⟩ |
| Popis: | Motivation Marker-assisted selection strongly relies on genetic maps to accelerate breeding programs. High-density maps are now available for numerous species. Dedicated tools are required to compare several high-density maps on the basis of their key characteristics, while pinpointing their differences and similarities. Results We developed the Genetic Map Comparator—a web-based application for easy comparison of different maps according to their key statistics and the relative positions of common markers. Availability and Implementation The Genetic Map Comparator is available online at: http://bioweb.supagro.inra.fr/geneticMapComparator. The source code is freely available on GitHub under the under the CeCILL general public license: https://github.com/holtzy/GenMap-Comparator. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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