Genomic analysis on Brazilian strains of Anaplasma marginale
| Autor: | Antonela Barbieri, Ugo Araújo Souza, Bruno Dall’Agnol, Tatiana Teixeira Torres, Anelise Webster, Gisele Antoniazzi Cardoso, Rosangela Zacarias Machado, José Reck, Carlos A. Ferreira, Fabiana Quoos Mayer |
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| Přispěvatelé: | RS, Universidade de São Paulo (USP), Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
| Rok vydání: | 2021 |
| Předmět: |
Anaplasmosis
Tristeza Parasitária Bovina Rickettsiales Cattle Diseases Genomics Biology Genome SF1-1100 DNA sequencing anaplasmose bovina Phylogenetics medicine Animals Amino Acid Sequence Indel Clade genome Phylogeny Genetics genoma General Veterinary sequenciamento de nova geração EXPRESSÃO GÊNICA medicine.disease Animal culture bovine anaplasmosis Anaplasma marginale Parasitology Cattle tick fever next-generation sequencing Cattle Brazil Reference genome |
| Zdroj: | Repositório Institucional da USP (Biblioteca Digital da Produção Intelectual) Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, Vol 30, Iss 2 (2021) Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária v.30 n.2 2021 Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária Colégio Brasileiro de Parasitologia Veterinária (CBPV) instacron:CBPV Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, Volume: 30, Issue: 2, Article number: e000421, Published: 28 MAY 2021 Scopus Repositório Institucional da UNESP Universidade Estadual Paulista (UNESP) instacron:UNESP |
| Popis: | Anaplasma marginale is a vector-borne pathogen that causes a disease known as anaplasmosis. No sequenced genomes of Brazilian strains are yet available. The aim of this work was to compare whole genomes of Brazilian strains of A. marginale (Palmeira and Jaboticabal) with genomes of strains from other regions (USA and Australia strains). Genome sequencing of Brazilian strains was performed by means of next-generation sequencing. Reads were mapped using the genome of the Florida strain of A. marginale as a reference sequence. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (INDELs) were identified. The data showed that two Brazilian strains grouped together in one particular clade, which grouped in a larger American group together with North American strains. Moreover, some important differences in surface proteins between the two Brazilian isolates can be discerned. These results shed light on the evolutionary history of A. marginale and provide the first genome information on South American isolates. Assessing the genome sequences of strains from different regions is essential for increasing knowledge of the pan-genome of this bacteria. Resumo Anaplasma marginale é um patógeno transmitido por vetores que causam uma doença conhecida como anaplasmose. Até a presente data, não há genomas sequenciados de cepas brasileiras. O objetivo deste estudo foi comparar o genoma completo das cepas brasileiras de A. marginale (Palmeira e Jaboticabal) com os genomas de cepas de outras regiões (cepas dos EUA e Austrália). As sequências dos genomas das cepas brasileiras foram obtidas mediante sequenciamento de nova geração. As “reads” foram mapeadas usando-se como referência o genoma de A. marginale da cepa Florida. Foram identificados polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e analisadas inserções/deleções (INDELs). As duas linhagens brasileiras se agruparam em um clado particular que, por sua vez, agrupou-se em um grupo maior junto com as linhagens norte-americanas. Além disso, foram identificadas diferenças significativas nas proteínas de superfície entre os dois isolados brasileiros. Esses resultados lançam luz sobre a história evolutiva de A. marginale e fornecem as primeiras informações de genomas de isolados sul-americanos. Avaliar as sequências de genomas de cepas de diferentes regiões é essencial para aumentar o conhecimento do pan-genoma dessa bactéria. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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