Investigation of Antibiotic Resistance Genes and Class 1 Integron in Multi-Drug Resistant P. aeruginosa and E. coli Strains

Autor: Azer Özad Düzgün, Ayşegül Saral
Přispěvatelé: Özad Düzgün, Azer
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: Cumhuriyet Science Journal, Vol 39, Iss 4, Pp 1063-1068 (2018)
Volume: 39, Issue: 4 1063-1068
Cumhuriyet Science Journal
ISSN: 2587-2680
2587-246X
Popis: P. aeruginosa ve E.coli izolatlarının birçok antibiyotiğe direnç kazanması nedeniylebu patojenlerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisi zorlaşmıştır. Bundandolayı klinik izolatlarda antibiyotik direnç genlerinin belirlenmesi büyük önemarz etmektedir. Bu çalışmanın amacı çoklu-ilaç dirençli P. aeruginosa ve E.coliklinik suşlarında beta laktamaz direnç genlerinin ve sınıf 1 integronlar genkasetlerinin varlığının araştırılmasıdır. Gümüşhane Devlet Hastanesi yoğunbakım ünitesinde yatan hastaların kan, idrar ve balgam örneklerinden izoleedilen 2 P. aeruginosa ve 2 E.coli izolatlarının tanımlaması veantibiyogramı Vitek 2 Compact otomatize sistemi ile çalışılmıştır. Total DNAizolasyonu kaynatma DNA metoduyla yapılmıştır. blaVIM, blaNDM,blaIMP, blaGES, blaCTXM-1, blaCTXM-2,blaOXA-58, blaOXA-23, blaOXA-51, blaOXA-40, blaKPC ve sınıf 1 integrongen kasetlerine ait primerler kullanılarak PZR’ler gerçekleştirilmiştir.Amplikasyonun gerçekleştiği tüm örnekler %1’lik agaroz jelde yürütülmüştür vedaha sonra UV ışığında görünür hale getirilmiştir. Antibiyogram sonucuna göre P. aeruginosa izolatları gentamisinhariç kullanılan tüm antibiyotiklere karşı direnç gösterdiği belirlenmiştir. E.coli izolatlarının ise karbapenemlerekarşı duyarlı sefalosporin grubu antibiyotiklere karşı dirençli olduğugörülmüştür. Sınıf A beta laktamaz genlerinden blaCTXM-1 4 suşun 3’ünde bulunurken, hiçbir suşta blaCTXM-2, blaKPC ve blaGES genleri tespitedilmemiştir. Araştırılan sınıf B ve sınıf D beta laktamaz genlerinin varlığıhiçbir örnekte görülmemiştir. 3 suştasınıf 1 integronun varlığı tespit edilmiştir. DNA dizi analiz sonucuna göre üçintegron pozitif örneğin dfrA17/AadA5gen kasetine sahip olduğu belirlenmiştir.
P. aeruginosa and E.coli are resistant to many antibiotics, so the treatment of infections ofthese pathogens has become difficult. Therefore, searching forthe presence of antibiotic resistance genes in clinical isolates is of greatimportance. The purpose of this study is to investigate the presence ofbeta-lactam resistance genes and class 1 integron in multi-drug resistant P. aeruginosaand E. coli clinical strains. Vitek 2 Compact automatization system were usedfor identification and antibiogram of 2 P.aeruginosa and 2 E. coli isolates which were isolated from blood, urine and sputumspecimens of patients whom were hospitalized in Gümüşhane State Hospitalintensive care unit. Total DNA isolation was done by boiling DNA method. PCR were performed using primers of class 1integron gene cassette, blaVIM,blaNDM,blaIMP, blaGES, blaCTXM-1,blaCTXM-2, blaOXA-58, blaOXA-23, blaOXA-51, blaOXA-40 and blaKPC. All amplificationsamples were performed on 1% agarose gel and subsequently visualized under UVlight. According to the results of the antibiogram, P. aeruginosa isolates showedresistance against all used antibiotics except gentamicin. The E.coli isolates were found to be resistant to cephalosporin antibiotics andsusceptible to carbapenems. blaCTXM-1-class A betalactamase genes was found in 3 strains of 4, while no blaCTXM-2, blaGES and blaKPC genes were detected in the strains. The presence of the investigated class B andclass D beta lactamase genes was notobserved in any sample. The presence of class 1integron was detected in 3 strains. According to the resultof the DNA sequence analysis, it was determined that three integron positivesamples had the dfrA1/AadA5 genecassettes.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: