Oryza Tag Line, a phenotypic mutant database for the Genoplante rice insertion line library

Autor: Pierre Larmande, Céline Gay, Mathias Lorieux, Christophe Périn, Matthieu Bouniol, Gaëtan Droc, Christophe Sallaud, Pascual Perez, Isabelle Barnola, Corinne Biderre-Petit, Jérôme Martin, Jean Benoît Morel, Alexander A. T. Johnson, Fabienne Bourgis, Alain Ghesquière, Manuel Ruiz, Brigitte Courtois, Emmanuel Guiderdoni
Přispěvatelé: Biologie du développement des espèces pérennes cultivées (UMR BEPC), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), CIAT BIOTECHNOLOGY UNIT AA6713, CIAT CALI COLOMBIA, BIOGEMMA, Biogemma Clermont-Ferrand, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Institut d'Astrophysique de Paris (IAP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire de Physiologie et de Génétique Moléculaire des Plantes, Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Développement et amélioration des plantes (UMR DAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), International Center for Tropical Agriculture [Colombie] (CIAT), Consultative Group on International Agricultural Research [CGIAR] (CGIAR), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université libre de Bruxelles (ULB), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2008
Předmět:
0106 biological sciences
Mutant
ADN
Phénotype
génomique fonctionnelle
Banque de gènes
computer.software_genre
01 natural sciences
F30 - Génétique et amélioration des plantes
User-Computer Interface
céréale
Genes
Reporter
Databases
Genetic
Enhancer trap
Expression des gènes
Genomic library
bioinformatique
ontologie
Sequence Tagged Sites
2. Zero hunger
Genetics
0303 health sciences
Database
food and beverages
Articles
Phenotype
C30 - Documentation et information
Système d'information
T-DNA enhancer trap
séquence d'insertion
DNA
Bacterial
Oryza japonica
expression génique
collection de mutant
caractérisation phénotypique
Biology
Sequence-tagged site
03 medical and health sciences
Oryza tag line database
Gene
030304 developmental biology
Gene Library
Génie génétique
Reporter gene
Internet
Oryza sativa
RIZ
STRUCTURE DU GENOME
BASE DE DONNEES
Oryza
Phenotypic trait
Mutagenesis
Insertional
oryza sativa
Mutation
[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
computer
010606 plant biology & botany
Zdroj: Nucleic Acids Research
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Database issue), pp.D1022-7. ⟨10.1093/nar/gkm762⟩
Nucleic Acids Research Database issue (36), D1022–D1027. (2008)
Nucleic Acids Research, 2008, 36 (Database issue), pp.D1022-7. ⟨10.1093/nar/gkm762⟩
ISSN: 0305-1048
1362-4962
DOI: 10.1093/nar/gkm762⟩
Popis: UMR DAP, équipe DAR; UMR BGPI, équipe 4; International audience; To organize data resulting from the phenotypic characterization of a library of 30,000 T-DNA enhancer trap (ET) insertion lines of rice (Oryza sativa L cv. Nipponbare), we developed the Oryza Tag Line (OTL) database (http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/). OTL structure facilitates forward genetic search for specific phenotypes, putatively resulting from gene disruption, and/or for GUSA or GFP reporter gene expression patterns, reflecting ET-mediated endogenous gene detection. In the latest version, OTL gathers the detailed morpho-physiological alterations observed during field evaluation and specific screens in a first set of 13,928 lines. Detection of GUS or GFP activity in specific organ/tissues in a subset of the library is also provided. Search in OTL can be achieved through trait ontology category, organ and/or developmental stage, keywords, expression of reporter gene in specific organ/tissue as well as line identification number. OTL now contains the description of 9721 mutant phenotypic traits observed in 2636 lines and 1234 GUS or GFP expression patterns. Each insertion line is documented through a generic passport data including production records, seed stocks and FST information. 8004 and 6101 of the 13,928 lines are characterized by at least one T-DNA and one Tos17 FST, respectively that OTL links to the rice genome browser OryGenesDB.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: