Development of PCR screening assays focused on gene-coding sequences for GMO detection

Autor: Debode, Frédéric, Janssen, Éric, Berben, Gilbert
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: Biotechnologie, Agronomie, Société et Environnement, Vol 22, Iss 4, Pp 230-241 (2018)
ISSN: 1780-4507
1370-6233
Popis: Description of the subject. This paper describes the development, evaluation and limitations of screening PCR assays based on genes and for use in GMO detection.Objectives. The aim of this research is to propose new PCR assays based on gene-coding sequences that will join a panel of existing screening assays to make better GMO detection possible.Method. Real-time PCR methods using double-dye probes were developed for genes frequently encountered in GM constructs and evaluated in terms of specificity and sensitivity.Results. Eight real-time PCR tests were designed based on the sequences of the bar, pat, EPSPS, gox, gus and hsp70 genes. Two of them proved of limited interest due to the presence of positive signals linked to the presence of the donor organisms: residual sequences of Escherichia coli in the master mixes for the gus PCR assay and while for the hsp70 PCR test, hsp70 being only used in GM maize at present, it is useless as hsp70 originates from maize. The assays for bar, pat, EPSPS and gox were found to successfully detect the corresponding structural elements introduced in GM constructs. Several PCR assays were proposed for the EPSPS gene in order to cover the different versions of the gene.Conclusions. Real-time PCR tests for bar, pat, EPSPS and gox were developed and met the expected performance criteria in terms of specificity and sensitivity. The targets can be amplified with the same PCR conditions as PCR assays already developed for the detection of promoters and terminators, and can be used in combination on the same PCR plate in order to provide wider coverage of GMOs and initial information concerning the GMO(s) present.
Développement de tests PCR focalisés sur les séquences codantes des gènes pour la détection des OGMDescription du sujet. Cet article présente le développement, l’évaluation et les limitations de tests de criblage basés sur des gènes et utilisés dans le cadre de la détection des OGM.Objectifs. Le but de la recherche est de proposer de nouvelles cibles basées sur la séquence codante de gènes. Ces tests viendront rejoindre un panel d’essais PCR déjà existants de manière à pouvoir réaliser une meilleure détection des OGM.Méthode. Des méthodes basées sur la technique de PCR en temps réel avec sondes d’hybridation ont été développées pour des gènes fréquemment utilisés dans les constructions transgéniques. Les méthodes ont été évaluées sur la base de leur spécificité et de leur sensibilité.Résultats. Huit tests PCR ont été sélectionnés sur la base des séquences des gènes bar, pat, EPSPS, gox, gus et hsp70. Deux d’entre eux ont montré un intérêt limité suite à l’obtention de signaux positifs liés à la présence d’organismes donneurs. Ces interférences sont dues à des séquences résiduelles d’Escherichia coli dans les réactifs utilisés pour l’amplification dans le cas du test gus, tandis que pour la cible hsp70, tenant compte qu’actuellement le hsp70 est uniquement introduit dans des maïs génétiquement modifiés, le test est dénué d’intérêt car le hsp70 provient du maïs. Les tests bar, pat, EPSPS et gox ont détecté avec succès les éléments structuraux introduits dans les constructions transgéniques. Plusieurs tests ont été proposés pour le gène EPSPS de manière à couvrir les différentes versions du gène.Conclusions. Des tests PCR pour les séquences codantes des gènes bar, pat, EPSPS et gox ont été développés et ont répondu aux critères de performance souhaités en termes de spécificité et de sensibilité. Les cibles peuvent être amplifiées avec les mêmes conditions d’amplification que celles d’autres tests visant des promoteurs et des terminateurs, et peuvent donc être utilisées en combinaison, de manière à fournir une meilleure couverture des OGM ainsi que de premières indications sur les OGM en présence.
Databáze: OpenAIRE
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