Natural killer cell infiltration is discriminative for antibody-mediated rejection and predicts outcome after kidney transplantation

Autor: Dirk Kuypers, Evelyne Lerut, Pierre Marquet, Henriette de Loor, Wilfried Gwinner, Marie Essig, Stéphane Gazut, Frans Schuit, Dany Anglicheau, Jasper Callemeyn, Carole Saison, Leentje Van Lommel, Saleh Yazdani, Olivier Thaunat, Max Wevers, Ben Sprangers, Lieven Thorrez, Alice Koenig, Maarten Naesens, Line Heylen, Laure-Hélène Noël
Přispěvatelé: Department of Nephrology and Renal Transplantation, University Hospitals Leuven [Leuven]-Catholic University Leuven, Laboratoire d'analyse des données et d'intelligence des systèmes (LADIS), Département Métrologie Instrumentation & Information (DM2I), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, University Hospitals Leuven [Leuven], Lymphocytes B effecteurs et à mémoire – Effector and memory B cells, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Transplantation, Néphrologie et Immunologie Clinique [Hôpital Edouard Herriot, HCL], Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Gene Expression Unit, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Service de Néphrologie, Dialyse, Transplantations [CHU Limoges], CHU Limoges, Hannover Medical School [Hannover] (MHH), Département de Néphrologie [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Pharmacologie des Immunosuppresseurs et de la Transplantation (PIST), Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), European Project: 305499,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2012-INNOVATION-1,BIOMARGIN(2013), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ESSIG, Marie, Biomarkers of renal graft injuries in kidney allograft recipients - BIOMARGIN - - EC:FP7:HEALTH2013-03-01 - 2017-02-28 - 305499 - VALID
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2019
Předmět:
0301 basic medicine
Graft Rejection
Male
Biopsy
Cell
030232 urology & nephrology
Datasets as Topic
Kidney
Transcriptome
0302 clinical medicine
Cytotoxic T cell
Kidney transplantation
Oligonucleotide Array Sequence Analysis
[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
natural killer cells
Middle Aged
Allografts
Prognosis
[SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
3. Good health
Killer Cells
Natural
medicine.anatomical_structure
Treatment Outcome
Nephrology
antibody-mediated rejection
[SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN]
Female
Infiltration (medical)
Adult
Cell type
kidney transplantation
survival
Antibodies
Natural killer cell
histology
03 medical and health sciences
Young Adult
Immune system
Predictive Value of Tests
[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry
Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN]
medicine
Humans
Aged
business.industry
Gene Expression Profiling
Computational Biology
kid- ney transplantation
medicine.disease
030104 developmental biology
Case-Control Studies
Immunology
gene expression
Kidney Failure
Chronic
business
Biomarkers
Zdroj: Kidney International
Kidney International, Nature Publishing Group, 2019, 95 (1), pp.188-198. ⟨10.1016/j.kint.2018.08.027⟩
Kidney International, 2019, 95 (1), pp.188-198. ⟨10.1016/j.kint.2018.08.027⟩
ISSN: 0085-2538
1523-1755
DOI: 10.1016/j.kint.2018.08.027⟩
Popis: Despite partial elucidation of the pathophysiology of antibody-mediated rejection (ABMR) after kidney transplantation, it remains largely unclear which of the involved immune cell types determine disease activity and outcome. We used microarray transcriptomic data from a case-control study (n=95) to identify genes that are differentially expressed in ABMR. Given the co-occurrence of ABMR and T-cell-mediated rejection (TCMR), we built a bioinformatics pipeline to distinguish ABMR-specific mRNA markers. Differential expression of 503 unique genes was identified in ABMR, with significant enrichment of natural killer (NK) cell pathways. CIBERSORT (Cell type Identification By Estimating Relative Subsets Of known RNA Transcripts) deconvolution analysis was performed to elucidate the corresponding cell subtypes and showed increased NK cell infiltration in ABMR in comparison to TCMR and normal biopsies. Other leukocyte types (including monocytes/macrophages, CD4 and CD8 T cells, and dendritic cells) were increased in rejection, but could not discriminate ABMR from TCMR. Deconvolution-based estimation of NK cell infiltration was validated using computerized morphometry, and specifically associated with glomerulitis and peritubular capillaritis. In an external data set of kidney transplant biopsies, activated NK cell infiltration best predicted graft failure amongst all immune cell subtypes and even outperformed a histologic diagnosis of acute rejection. These data suggest that NK cells play a central role in the pathophysiology of ABMR and graft failure after kidney transplantation. ispartof: Kidney International vol:95 issue:1 pages:188-198 ispartof: location:United States status: published
Databáze: OpenAIRE
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