Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages

Autor: Daniele Iudicone, Sarah Romac, Kenji K. Kojima, Magali Lescot, Hiroyuki Ogata, Jean-Michel Claverie, Patrick Wincker, Olivier Jaillon, Emilie Villar, Pascal Hingamp, Martine Boccara, Chris Bowler, Alaguraj Veluchamy
Přispěvatelé: Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-École Centrale de Nantes (Nantes Univ - 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Paris (ENS Paris)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2016
Předmět:
Zdroj: ISME Journal
ISME Journal, 2016, 10 (5), pp.1134-1146. ⟨10.1038/ismej.2015.192⟩
The ISME Journal
ISME Journal, 2015, pp.1-13. ⟨10.1038/ismej.2015.192⟩
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2016, 10 (5), pp.1134-1146. ⟨10.1038/ismej.2015.192⟩
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2015, pp.1-13. ⟨10.1038/ismej.2015.192⟩
ISSN: 1751-7362
1751-7370
Popis: Genes encoding reverse transcriptases (RTs) are found in most eukaryotes, often as a component of retrotransposons, as well as in retroviruses and in prokaryotic retroelements. We investigated the abundance, classification and transcriptional status of RTs based on Tara Oceans marine metagenomes and metatranscriptomes encompassing a wide organism size range. Our analyses revealed that RTs predominate large-size fraction metagenomes (45 μm), where they reached a maximum of 13.5% of the total gene abundance. Metagenomic RTs were widely distributed across the phylogeny of known RTs, but many belonged to previously uncharacterized clades. Metatranscriptomic RTs showed distinct abundance patterns across samples compared with metagenomic RTs. The relative abundances of viral and bacterial RTs among identified RT sequences were higher in metatranscriptomes than in metagenomes and these sequences were detected in all metatranscriptome size fractions. Overall, these observations suggest an active proliferation of various RT-assisted elements, which could be involved in genome evolution or adaptive processes of plankton assemblage.
Databáze: OpenAIRE
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