Potential added value of a RT-qPCR method of SOX 11 expression, in the context of a multidisciplinary diagnostic assessment of B cell malignancies

Autor: Adrien Chauchet, Julien Magne, Francine Garnache-Ottou, Christophe Ferrand, Alizée Jenvrin, Olivier Casasnovas, Anne Donzel, Dewi Vernerey, Nathalie Nadal, Julien Guy, Bernard Aral, Laurence Jego, P. Callier
Přispěvatelé: Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Inserm UMR 1098, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Service d'hématologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -hopital Jean Minjoz, Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Etablissement Français du Sang (EFS) - Bourgogne Franche-Comté, EFS, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Etablissement Français du Sang de Bourgogne Franche-Comté (site de Chalon-sur-Saône), EFS-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: Experimental Hematology & Oncology, Vol 7, Iss 1, Pp 1-6 (2018)
Experimental Hematology & Oncology
Experimental Hematology & Oncology, 2018, 7 (1), pp.5. 〈https://ehoonline.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40164-018-0097-6〉. 〈10.1186/s40164-018-0097-6〉
Experimental Hematology & Oncology, BMC, 2018, 7 (1), pp.5. ⟨10.1186/s40164-018-0097-6⟩
ISSN: 2162-3619
Popis: Background Expression of SRY [sex-determining region Y]-box11 (SOX11) is specific to mantle cell lymphoma (MCL) and contributes, in conjunction with immunoglobulin variable heavy chain gene mutation status, to the identification of two forms of this disease. Methods The aim of this report was firstly, to design an easy and suitable RT-qPCR method to quantify SOX11 mRNA expression in mantle cell lymphoma and other B cell malignancies with the proper reference gene; secondly, to define the best threshold of relative quantity of SOX11 mRNA in order to reach the best compromise between sensitivity and specificity. Results For best discrimination of MCL and non-MCL groups we determined an area under the curve (AUC) of 0.9750 and a threshold of 1.76 with 100% sensitivity and 88% specificity. AUC and threshold values of respectively 0.91/1.346 [87% sensitivity, 80% specificity] and 0.9525/1.7120 [100% sensitivity, 88% specificity] for GAPDH and RPLP0 respectively denote that the RPLP0 reference gene alone is sufficient for PCR housekeeping gene. Conclusion This work describes an RT-qPCR assay for SOX11 expression in order to better characterize MCL at diagnosis. Further studies on larger cohorts are needed to evaluate this molecular tool, especially for the follow-up of minimal residual disease. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s40164-018-0097-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: